质控软件fastp常用参数说明

写在前面

fastp是用于处理fastq文件，基于C++，支持多线程，包含fastQC和Trimmomatic的一些功能。这里主要给出常用参数的一些说明。

参数说明主要参考github上的使用说明，请以github上的说明为准。

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参考文献

​ fastp工具参考文献
​ fastp软件github下载

fastp功能

1. 去接头
2. 碱基矫正
3. 滑动窗口质量值剪切
4. 切ployG/ployX尾巴
5. 处理分子标签(UMI)
6. 分割输出结果
7. duplicate率的评估
8. 过表达序列分析
9. 质控结果报告

类似软件比较

fastp的文献中指出其运行速度比Trimmomatic快近5倍。

fastp参考文献也对于去除adapter的性能作了比较，X轴是搜索adapter时允许碱基错配数，Y轴是adapter序列数。

下面是各软件比对情况的比较结果：

简单示例

## 双端数据
$ fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz

##  去UMI简单示例
$ cat R1.fq
@NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:1675:1101 1:N:0:TATAGCCT+GACCCCCA
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA
+
6AAAAAEEEEE/E/EA/E/AEA6EE//AEE66/AAE//EEE/E//E/AA/EEE/A/AEE/EEA//EEEEEEEE6EEAA

$ fastp -i R1.fq -o out.R1.fq -U --umi_loc=read1 --umi_len=8
$ cat out.R1.fq
@NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:1675:1101:AAAAAAAA 1:N:0:TATAGCCT+GACCCCCA
GCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA
+
EEE/E/EA/E/AEA6EE//AEE66/AAE//EEE/E//E/AA/EEE/A/AEE/EEA//EEEEEEEE6EEAA

常用参数说明

-i, --in1 R1文件输入；

-I, --in2 R2文件输入；

-o, --out1 R1文件处理后的输出；

-O, --out2 R2文件处理后的输出；

-h, --html 设置输出html格式的质控结果文件名，不设置则默认html文件名为fastp.html

-j, --json 设置输出json格式的质控结果文件名，不设置则默认json文件名为fastp.json

UMI去除

分子标签(UMI)，来自于相同的分子的标记，用于去重，错误校正。常用在ctDNA测序，illumina测序的UMI位于两个不同位置：index和read开头。

--umi 启用UMI处理参数；

--umi_loc 指定UMI的位置，可设置下面几种：

"index1": 第一个index作为UMI, 对双端数据，则作用于R1/R2；
"index2": 第二个index作为UMI, 对双端数据，则作用于R1/R2；
"read1": read1的头部作为UMI,  对双端数据，则作用于R1/R2；
"read2": read2的头部作为UMI,  对双端数据，则作用于R1/R2；
"pre_index", "index1_index2": 
"pre_read": read1的头部定义'umi1', read2的头部定义'umi2', 'umi1_umi2'作为UMI, 作用于R1/R2

--umi_len UMI的长度，当指定UMI的位置为read1, read2,per_read时，应指定UMI长度；

--umi_prefix UMI设置前缀，例： UMI=AATTCCGG，prefix=ATC，即设置--umi_prefix=ATC，则被加在read_name行的UMI序列将会是ATC_AATTCCGG ；

--umi_skip UMI去除并加到read_name后，再去除(跳过)的碱基数；例：--umi_skip=4 表示去除UMI后再去除4bp。

fastp是将UMI提取后加在对应read的name行，如果UMI在read中，那么UMI会从read中移除，如果UMI在index中，会被保留。

质量过滤

-q, --qualified_quality_phred 设置碱基质量值不小于多少时，该碱基为合格碱基，默认碱基质量值是15，即默认碱基质量>=15是合格碱基，<15为不合格碱基；

-u, --unqualified_percent_limit 设置允许不合格碱基的占比为多少时，去掉这条read，默认是40，即默认不合格碱基占比>40%时，去掉该read；

-Q, --disable_quality_filtering 设置该参数则禁用默认质量过滤参数(-q, -u)。

长度过滤

-l, --length_required 设置read的最小长度，默认是15，即长度<15的read被去掉；

--length_limit 设置read的最大长度, 默认为0是没有最大长度限制；

低复杂度过滤

-Y, --complexity_threshold 设置read的复杂度过滤阈值，默认为30，即当read复杂度<30时，去掉该read。复杂度：

- 复杂度的定义为 一个碱基与其下一个相邻碱基不同的碱基个数占比；
- 例：一条长为51bp的read，有3个碱基与其下一个碱基不同
   seq = 'AAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCCCC'
   其复杂度为：complexity = 3/(51-1) = 6%

-y, --low_complexity_filter 设置该参数则禁用默认复杂度过滤参数(-Y)

adapter过滤

-A, --disable_adapter_trimming 设置该参数则禁用默认adapter过滤参数；

-a, --adapter_sequence 指定引物序列(对应SE数据的引物序列 或 对应PE数据的R1的引物序列)。对单端(SE)数据，可通过自动检测前~1Mreads的尾巴，去识别adapter，若设置该参数，则表示禁用自动识别adapter；

--adapter_sequence_r2 指定R2引物序列(对PE数据的R2)。对双端(PE)数据，是通过两条reads的overlap去adapter（由于该方法比较稳定，通常不必设置引物序列）。如果为找到overlap，用使用这些序列去adapter(是否设置都先通过overlap去adapter?)；

--detect_adapter_for_pe 默认对双端数据则默认不使用自动检测adapter(SE可自动检测)，设置该参数，表示对双端数据也启用自动检测方法；

--adapter_fasta 接头序列文件(fasta格式)，注意该fasta文件中的fasta序列长度至少6bp，否则会被跳过。

​ 注：fastp首先去除自动化检测到的接头序列，或者使用--adapter_sequence |--adapter_sequence_r2指定的接头序列，然后去除由--adapter_fasta设置的接头序列。去除的接头序列分布可以在html/json文件中查看。

通过质量值过滤每条read

下面参数是通过滑动窗的平均质量值切除reads

-W, --cut_window_size 设置滑动窗口大小；

-M, --cut_mean_quality 设置滑动窗口的平均质量值阈值，低于这个阈值则被切除；

可对两端分别进行切除：

• 对5'端的参数，与Trimmomatic中的LEADING参数方法相似：
  • -5, --cut_front 是去除5'端低质量碱基，具体是指滑动窗从5'向末尾3’滑动，如果窗口内的碱基平均质量值低于阈值，则切除这些碱基，然后窗口继续滑动，直到达到阈值则不再去除；
  • --cut_front_window_size 是设置从5'端开始的滑动窗的大小，即每个滑动窗包含几个碱基；
  • --cut_front_mean_quality 设置从5'端开始的滑动窗平均质量值阈值，低于该阈值则切除这些碱基；
• 对3'端开始切除的参数与5'端类似，也与Trimmomatic中的TRAILING参数的方法类似：
  • -3, --cut_tail 是去除3'端低质量碱基，具体是指滑动窗从3'向起始5’滑动，如果窗口内的碱基平均质量值低于阈值，则切除这些碱基，然后窗口继续滑动，直到达到阈值则不再去除；
  • --cut_tail_window_size 是设置从3'端开始的滑动窗的大小；
  • --cut_tail_mean_quality 设置从3'端开始的滑动窗平均质量值阈值，低于该阈值则切除这些碱基；

还有切除序列的其他参数：

-r, --cut_right 是切除右侧序列，-3与-r参数的差别是，前者是先进行碱基去除，达到阈值则不再去除碱基，然后继续滑动窗口；后者是前者进行后，继续滑动滑动窗，直到发现窗口内碱基的平均质量值低于阈值，则切除该窗口及右侧所有碱基。也就是使用该参数，就没必要设置--cut_tail参数 。

ployG/ployX

对Illumina的NextSeq/NovaSeq测序数据，常会用ployG发生(是因为这两个平台使用两个荧光信号，而没有信号时表示G)。fastp能够检测到ployG并去除（默认是NextSeq/NovaSeq平台，通过测序仪ID和fastq识别)

-g, --trim_poly_g 启用去除尾巴ployG；

--poly_g_min_len 设置去除尾巴’G’的最小长度，默认为10即尾巴ployG长度>10时，会被去除；

-G, --disable_trim_poly_g 禁用去除尾巴ployG；

-x, --polyX 启用去除polyX(polyA, polyT, polyC, polyG)，若同时设置--trim_poly_g和--ployX，则先进行ployG尾巴去重，再进行ployX(这样设置有助于ployA尾巴在G尾巴之前时，去重ployA尾巴[常见于mRNA-Seq])。

PE数据的碱基校正

fastp通过overlap进行分析，如果找到合适的overlap，当overlap区域的两个错配碱基中，一个碱基质量值较高，一个碱基质量值极低，该软件会将错配的两个碱基进行校正（？将低质量碱基校正为与高质量碱基互补的碱基）。对应的碱基质量值也校正为相同的值。

-c, --correction 对碱基校正，默认不启用该参数；使用该参数是基于检测overlap，overlap的可调参数有：

• --overlap_len_require overlap的长度要求，默认是30，即默认overlap区域的长度不低于30bp；否则认为无overlap；

• --overlap_diff_limit overlap中最大错配数，默认是5，即默认overlap时最多有5个错配；否则认为无overlap；

• --overlap_diff_percent_limit overlap中最大错配数在重叠区的占比，默认是20，即默认最大错配数的碱基占比不高于20%；否则认为无overlap。

整体切除 【global trimming】

整体切除一般是考虑到，illumina测序最后1个cycle或最后n个cycle测序质量较低，使用-t 1, --trim_tai1l=1参数将所有reads的末尾1bp去除；

-f, --trim_front1 对R1起始几bp进行去除，例如：-f 1或--trim_front1=1表示去除R1起始位置1bp碱基；

-t, --trim_tail1 对R1末尾几bp进行去除，例如：-t 2或--trim_tail1=2表示去除R1末尾位置1bp碱基；

-b, --max_len1 设置R1最大长度阈值，即R1的长度大于阈值，则在尾巴开始切除read直到与阈值相等，默认不切除。注意最大长度在最后一步处理；

-F, --trim_front2 与R1相似；不设置默认则与R1指定的参数相同；

-T, --trim_tail2 与R1相似；不设置默认则与R1指定的参数相同；

-B, --max_len2 设置R2最大长度，同-b参数。[注意最大长度在最后一步处理]

## 过滤reads顺序：
1. 对UMI进行处理("--umi")
2. 整体切除的起始位置切除("-f", "-F")
3. 整体切除的尾巴位置切除("-t", "-T")
4. 5'端质量值切除("-cut_front")
5. 滑动窗切除("--cut_right")
6. 3'端质量值切除("--cut_tail")
7. ployG切除("--trim_ploy_g", 默认作用于'NovaSeq/NextSeq'的数据)
8. 根据overlap分析去adapter(PE数据)
9. 根据adapter序列去apapter("--adapter_sequence", "--adapter_sequence_r2", 对PE数据则跳过该步骤)
10. 去除polyX("--trim_poly_x")
11. 去除最大长度("--max_len")

输出文件切分

可通过设置分割成几个文件或者设置每个文件的行数 ，两者不可同时设置。

-s, --split 指定最多分割成几个文件；

-S, --split_by_lines 指定分割后的每个文件最多几行；

-d, --split_prefix_digits 设置输出文件的前缀数字位数，例如：--split_prefix_digits=4 --split=3 --out1=out.fq ， 则输出文件为0001.out.fq, 0002.out.fq, 0002.out.fq

过表达序列分析

【overrepresented sequence analysis】

-p,--overrepresentation_analysis 启用该分析，默认仅统计序列长度为10bp, 20bp, 40bp, 100bp或 cycle -2 ；

-P, --overrepresentation_sampling 指定用于统计的reads数比例，默认20，即默认1/20的reads用于序列统计。例：设置-P 100 表示将1/100的reads用序列统计，设置-P 1 表示将所有reads用于统计(运行会很慢，默认20是平衡了速度和精确度)

不仅有过表达序统计结果，还有循环中(cycles)的分布情况，并用图展示检测到的过表达序列，以便找到最多的序列。

fastp和Trimmomatic的优势/劣势-chatGPT

最近在使用chatGPT提问，获得更高效的反馈信息：（网搜的一个chatGPT网址：https://chat2.jinshutuan.com/）

Q: fastp和trimmomatic软件的优势和劣势

A: fastp 和 Trimmomatic 是两种流行的用于高通量测序数据预处理的软件。它们都可以对 Illumina 测序数据进行质量控制和去除低质量读取（Quality Control and Low Quality Read Filtering）。
fastp 的优势：

1. fastp 的速度非常快，比大多数其他的工具都要快得多。
2. fastp 能够自动检测测序数据的序列格式和质量评估标准，并且提供了一些智能调整参数，使得它在使用时非常方便。
3. fastp 能够同时对双端测序进行处理，这对于需要处理大量数据的用户来说尤为重要。

fastp 的劣势：

1. fastp 具有较少的参数选项，因此对于更高级的数据处理任务，可能需要使用其他工具。

Trimmomatic 的优势：

1. Trimmomatic 是一个经过多年发展的成熟工具，具有广泛的应用背景和强大的功能。
2. Trimmomatic 提供了丰富的参数选项和模式，使其可以应对许多不同类型的测序数据。
3. Trimmomatic 有一个非常详细的文档，其中包含使用示例和说明，非常适合初学者使用。

Trimmomatic 的劣势：

1. Trimmomatic 运行速度较慢，在处理大数据时需要很长时间。
2. Trimmomatic 在一些情况下可能会过滤掉有用的序列，需要仔细设置其参数。
3. Trimmomatic 需要一定的经验和技能才能使用，对于初学者来说可能不太友好。

综上所述，fastp 和 Trimmomatic 都是非常优秀的测序数据处理工具，但它们各自具有不同的优势和劣势，选择哪一个工具主要取决于您的实际需求和经验程度。

其中，Trimmomatic 的劣势的第三条和优势的第三天显得有些矛盾。大概意思就是，适合但不友好吧。

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【2019-07-04】 初版
【2023-06-05】修改参数–json说明中笔误：html > json；增加chatGPT测试；