CIRCOS教程翻译 1.4——links和rules

承接上一篇，只有主配置文件有变化，这次的内容为规则与链接，副内容为贝塞尔曲线：

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
chromosomes_units = 1000000

chromosomes_display_default = no
chromosomes                 = /hs[1-4]$/
chromosomes_reverse         = /hs[234]/
chromosomes_scale           = hs1=0.5r,/hs[234]/=0.5rn

<colors> # *的作用为重写默认配置的参数
chr1* = red
chr2* = orange
chr3* = green
chr4* = blue
</colors>

<links> 

<link>
file          = data/5/segdup.txt #不同染色体中的基因有很多是有相似的序列，把相似的序列链接起来，例子：hs1 100 200 hs2 300 400
radius        = 0.8r #链接起始位置
bezier_radius = 0r #贝塞尔曲线曲率
color         = black_a4
thickness     = 2

<rules> #每个rule都有condition和formating，还有一个可选的flow；如果condition为真，那么其他rules就不再检查；反之，circos会检查其他的rule

<rule>

condition     = var(intrachr) #取出在同一染色体内相似序列的基因的信息，将其不显示

show          = no #将其不显示

</rule>

<rule>

condition     = 1

color         = eval(var(chr2)) #取出2号染色体的信息，评估其颜色并重写

flow          = continue
</rule>

<rule>

condition     = from(hs1) #从1号染色体开始其链接初始位置进行重写

radius1       = 0.99r
</rule>

<rule>

condition     = to(hs1) #到1号染色体结束其链接初始位置进行重写

radius2       = 0.99r

</rule>

</rules>

</link>

</links>

<<include ideogram.conf>>

<<include ticks.conf>>

<image>
<<include etc/image.conf>>                
</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> 

<<include etc/housekeeping.conf>>