R_circlize包_和弦图（二）

作者：李誉辉 四川大学在读研究生 

往期精彩： 

R_插值_拟合_回归_样条

接上一篇：R_circlize包_和弦图（一）

link弦可见

在需要强调某些relation时，需要高亮对应的弦，一般有4种高亮方式：

• 设置弦边缘颜色(前面已经介绍了)，

• 设置不同的透明度，

• 或只显示某些弦，其它全是透明的灰色

• 通过link.visible参数指定要显示的弦，其它都不显示，可以用逻辑矩阵(对于邻接矩阵)或逻辑向量(对于邻接列表)进行指定

library(circlize)

# 通过指定不同的颜色进行高亮
chordDiagram(mat, grid.col = grid_col, row.col = c("#FF000080", "#00FF0010", "#0000FF10"))
circos.clear()

# 通过指定透明色给某些在范围之外的relation 
col_mat[mat < 12] <- "#00000000" # relation < 12则变为透明色
chordDiagram(mat, grid.col = grid_col, col = col_mat) # 
circos.clear()

# 通过函数同时指定透明色和高亮色，对邻接列表数据源也适用
col_fun <- function(x) {ifelse(x < 12, "#00000000", "#FF000080") }# relation小于12则为透明色，反之为#FF000080石榴红
chordDiagram(mat, grid.col = grid_col, col = col_fun, transparency = 0.7)
circos.clear()

# 事实上，所有颜色矩阵或颜色生成函数中色彩都是绘制在图形中的，只是程序内部将其透明度设置为了1，
# 通过3列特殊数据框指定的颜色，其缺失的颜色的relation将不会画出
col_df <- data.frame(c("S1","S2", "S3"), c("E5", "E6", "E4"), 
                     c("#FF000080", "#00FF0080", "#0000FF80"))
chordDiagram(mat, grid.col = grid_col, col = col_df) 
circos.clear()

# 对于邻接列表数据源，高亮弦调整更简单，只需要设置要高亮的颜色，其它为透明色就行了
cols <- rand_color(nrow(df))
cols[df[[3]] < 10] <- "#00000000" # 将df中第3列，即relation列，列值小于10的都更新为透明色HEX色值
chordDiagram(df, grid.col = grid_col, col = cols)

# 通过link.visible参数调整
cols <- rand_color(nrow(df))
chordDiagram(df, grid.col = grid_col, link.visible = df[[3]] >= 10) # 只显示df第3列大于10的弦
circos.clear()

弦在同一个sector上的顺序调整

有时候为了方便查询，需要将弦link按宽窄顺序排列，可以用参数link.sort和link.decreasing设定:

• link.sort = TRUE 表示设置顺序，默认为了好看自动调整弦的顺序,指定该参数后，