circos 可视化手册-links 篇

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highlights用于展示基因组上特定的区域的分布,通常情况下,还需要展示不同区域之间的关联,比如融合基因,CNV等信息,这样的信息就通过links 这个block 进行展示。

links 用于描述两个区间之间的关系,其用法和highlights类似, 示例如下
在这里插入图片描述
所有的link都包含在 links中,在links下定义的属性是全局的属性,每个link会继承全局属性, 也可以重新定义,覆盖掉全局的属性。

file参数定义了用于展示的数据信息,有两种定义方式

1. 一行定义一对

文件共有6列,使用空格分隔;每一行表示一对有联系的区域,前3列和后3列分别定义一个区域
在这里插入图片描述

2. 两行定义一对

区间的定义和第一种格式类似,都是染色体,起始和终止位置;唯一不同的是在第一列增加了links ID, links ID 是唯一的,每两行代表一对有联系的区域

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