PSSP之特征提取（PSSP protein secondary structure prediction）

最新推荐文章于 2023-02-16 17:28:22 发布
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PSSP之特征提取（PSSP protein secondary structure prediction）

One-hot encoding AAC

维度为20+3（BXZ）。

PSSM encoding

  1. fasta文件
  2. psi-blast程序+protein db(nr db 40G 下载失败 uniref50 6G 下载成功）
  3. makeblastdb.exe (uniref50 格式化成功 耗时 4846 secords）
  4. python批量 cmd操作（待续）
  5. data_process.py

SVM 分类

多核组合rbf+lin 效果好

优化之特征清洗

  • 加上标志位
  • 或是化学性能的特征
  • 还有加上3个AAC
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solumin
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