woodman的专栏

使用的Anaconda,本来想就着原来的环境，结果GG了。一键安装: pip install pysam。事情如果如此简单也就不用写这个博客了。mamba的安装在我另一篇。

不晓得是不是我设置了清华源，导致conda 或者mamba都无法安装当前的最新版2.1.3，只能通过github的“install_kraken2.sh”安装。

2.2 基本按照Github的流程安装，Seurat需要自己安装，具体步骤在我的另一篇。理想是丰满的，现实很骨感。2.1 解决依赖问题。

2，调用conda 环境报错，显然是路径问题，通过GPT、谷歌查找，使用下面两条命令，一、 Plantform。系统：Rocky 9。二、Schedule。

自用，已测试。

Seurat更新增加了一些功能，由于前期都是V4的结果，当使用过程中，容易报错，于是想降级。方法一：降级软件版本，参考。方法二：格式转化，参考。

安装R包的核心思想就是，先install.packages("scCustomize")，如果失败则去。其实这个包有时候就可以这样按，只是需要安装几个依赖。

用户级配置：~/.pip/pip.conf 或 ~/.config/pip/pip.conf。全局配置：/etc/pip.conf。

给出的详细指南，只是可能大家打不开或者懒得去看E文。第二步，打开R或者Rstudio-server。第一步，下载CytoTRACE安装包。第三步，安装python相关的包。第四步，设置Python路径。

如果是在自己的HOME目录下一般是不需要这步，直接配置~/.bashrc。

安装很简单，accpet--安装路径(默认在~/anaconda3)--yes。Step 1: anaconda 配置环境变量。Step 2: anaconda 换源。Step 3: 清理已有缓存和索引。Step 4: 升级conda。Step 5: 备份与还原。

用“RStudio Server”, 谷歌秒出官网，度娘一堆广告。# 吐槽一下度娘，真心拉胯。

方法二：使用默认R自动library，然后在Rstudio-Server导入libPaths。再将/home/Your_name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3切换为默认路径，这样安装的库就在自己的家目录下，不影响其他人的使用。其中/data/anaconda3/envs/public/lib中安装了 R4.3.2，并预装了许多需要使用的库。实验环境：Rocky linux 9.2。方法一：修改R,添加conda环境路径。

目前会报错生成PDF时会发生异常。

而只要你使用过 md，那你一定听说或使用过 typora，它之所以备受推崇，是因为它推出了一项非常重要的功能：「实时预览（Live preview）」，实现了所见即所得，使用体验大幅提升。在网上兜兜转转，发现一款 md 笔记软件，这款软件就叫 Obsidian（简称 Ob），这款软件个人使用是免费的，商用才要收费，同时支持众多插件。GitHub的仓库：https://github.com/obsidianmd/obsidian-releases。当然了，只要你不升级继续使用旧版，typora 还是免费的；

话不多说，直接上干货。

它支持多种图像格式，包括JPEG、PNG、TIFF等，以及特定于libvips的高效图像格式。libvips还提供了各种图像处理功能，如调整大小、剪裁、旋转、缩放、色彩转换等，以及更高级的功能，如图像锐化、合并、拼接和特效处理。pyvips是一个Python绑定，用于访问libvips库，它是一个用于处理大型图像的快速和低内存库。pyvips主要用于执行高效的图像处理操作，尤其是对大型图像或需要大规模批量处理的图像。1）pyvips 是调用的libvips，先使用命令验证是否安装了。等有时间再来填bug。