练习
用PyMOL的分子结构可视化功能从pdb格式文件创建动态分子结构动态效果的一系列帧图片(PNG), 然后用convert合并到gif,再用gifsicle修剪或放缩。
其中 convert 来自 ImageMagick, 而gifsicle 则是一个针对动态GIF的单独的小程序。它们都有不同操作系统下的版本。
实现
我是从PyMOL的GUI打开pdb文件,然后从命令行逐个设置的。实际上,如果是在PyMOL的命令行里面可以使用的命令的脚本文件,则可以前面加 ‘‘ @ " <script id="MathJax-Element-4" type="math/tex">"</script>之后在pymol命令行中运行:
@commands.txt
包括生成多少帧图片、图片之间的旋转角度、原子和键球棍模型的颜色、导出png文件时候的文件名信息……等等都是用苦逼的命令行方式逐行输入的。具体可参考pymolwiki及前人博客。
效果
pdb也是分子结构的一种文件格式,本质上跟mol类似,都是文本形式的。pdb文件不宜选太大的分子,否则出来的gif太大,无法上传,视觉效果差。举个例子。