基因表达的研究

基因表达就是一个基因产生功能产物的过程，产物是蛋白质orRNA，不是mRNA，而是其他，比如tRNA，rRNA都叫做基因表达。

涉及到两个层次，一个是转录一个是翻译。在转录的时候基因表达受到调控，转录的调控主要表现在启动子。

1. DNA上的活动

启动子在不同细胞里面，有些启动子是组织特异性启动子，使得下游基因表达，启动子是RNA聚合酶复合物结合位点，结合之后能够启动。

增强子取决于能转录多少，可以把启动子活性放大上千倍甚至更大，所以说一个基因能否表达，开关，启动子决定，表达量多少和增强子有关系。enhancer在p的上游或者下游，nt的一个位置上面，和启动子不直接联系，但是空间相连，DNA可以弯曲。

转录的时候，RNA聚合酶复合物相关蛋白质转录因子都要和DNA元件相互结合。基因表达相关序列叫shunshi元件，shunshi元件是DNA序列。shunshi元件要和蛋白质结合，这些蛋白质叫fanshi因子。要结合的话要求shunshi元件是开放的。开放的时候TF结合上来，这就是表观调控。

2.表观调控

第二个层次，组蛋白甲基化yixianhua等一些修饰，组蛋白的变体

3. 空间

更高层次，组蛋白和DNA都不变化，DNA是高度浓缩的东西，拉开了长度是用米来计算的，细胞真核的话差不多是10个微米的直径，DNA想要放到cell里就要疯狂缠绕。

mRNA的产物并不会直接翻译，hnRNA是转录出来的产物，mRNA的前提，要加工成mRNA，需要做啥事儿呢，5‘端加帽，加鸟苷酸修饰帽子，加尾， 3‘端加polyA的尾巴，还要进行减去内含子，留下内含子都拼在一起，叫剪接，还有剪接修饰，比如m6A修饰，就是腺嘌呤6号位的甲基化，然后会得到一个成熟的mRNA，从细胞核到细胞质进行翻译。

翻译就是核糖体和mRNA结合完成翻译就可以了，所以主要还是在转录过程上，翻译调控其实不是很重要，翻译完之后的蛋白质要进行后续的翻译后的加工，加工包括蛋白质折叠，蛋白质可能需要水解一些东西糖基化修饰

表达量的研究

1.看转录量的多少。RT（reverse transcription/real time）-qPCR（多聚酶链式反应）

首先把细胞里面总RNA提取出来，提取出来之后进行逆转录得到DNA，对DNA进行PCR，定量用荧光定量，合成的越多，荧光信号越强，当到达荧光yuzhi的时候，PCR终止，到达yuzhi所需要的时间越长，说明DNA越少。cycle threadshold就是阈值 CT指。

2.scRNA-seq

3.核糖体图谱 

表达位置

4.in situ hybridization 原位杂交

表达功能

5.研究shunshi元件功能和fanshi因子到底怎么相互作用 

报告基因（比如我们想要研究一个启动子到底在哪些基因里面表达）这个时候把shunshi元件搞出来，和后面报告基因（产生荧光或者什么酶）连起来，接下来去检测比如到底是在哪个组织里表达的，就看有没有这个报告基因。

增强子不连报告基因连的是哪个基因？增强子通常不会只和一个基因相互作用，这个时候可以冲着增强子去找下游调控基因。在正常情况下细胞里面X基因产生X蛋白，是因为启动子，但上面有123号增强子，我们想知道这3个增强子到底是在哪个细胞里表达，我们这个时候知道这个基因受到三个增强子调控，不知道在哪个细胞里面表达，所以我们把X基因换成Y报告基因（荧光蛋白），这时候去看哪个细胞在表达，BEF细胞里面表达，也就说明BEF细胞表达X基因。

增强子一定要三个都需要吗？还是某一个就可以，我们都连报告基因，只加3增强子，发现在B细胞里表达，比如B是肝细胞，这个B在肝细胞里面表达这个功能。

这就是报告基因去检测shunshi元件的功能。

6. 染色质免疫共沉淀chip chip chromatin immunopreciapitation，研究fanshi因子，找TF到底结合哪一段序列。TF放到细胞里表达后，把细胞裂解掉，DNA加入DNA酶，切碎，因为有TF结合在DNA上，加抗体把TF捞起来，然后就结合这一段DNA序列，把TF去掉之后把DNA拿来测序，这就知道TF结合的到底是哪一段DNA。

有啥用？比如我知道一个TF是一个DNA甲基化位，我就知道哪些位点被这个TF催化。

翻译水平上看翻译量的多少。