学习samtools

《忘记引用自哪里了》（自己发为了记录）
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍

1. view
   view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。

bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。

Usage: samtools view [options]

总共的reads数

0 + 0 duplicates
7536364 + 0 mapped (63.09%:-nan%)

总体上reads的匹配率

11945742 + 0 paired in sequencing

有多少reads是属于paired reads

5972871 + 0 read1

reads1中的reads数

5972871 + 0 read2

reads2中的reads数

6412042 + 0 properly paired (53.68%:-nan%)

完美匹配的reads数：比对到同一条参考序列，并且两条reads之间的距离符合设置的阈值

6899708 + 0 with itself and mate mapped

paired reads中两条都比对到参考序列上的reads数

636656 + 0 singletons (5.33%:-nan%)

单独一条匹配到参考序列上的reads数，和上一个相加，则是总的匹配上的reads数。

469868 + 0 with mate mapped to a different chr

paired reads中两条分别比对到两条不同的参考序列的reads数

243047 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

同上一个，只是其中比对质量>=5的reads的数量

1. depth
   得到每个碱基位点的测序深度,并输出到标准输出。

Usage: bam2depth [-r reg] [-q baseQthres] [-Q mapQthres] [-b in.bed]