samtools小记

最新推荐文章于 2024-07-29 11:14:19 发布
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分类专栏： 单细胞测序 文章标签： 生物信息学
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samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。sam为bam文件的十进制文件；bam为二进制文件。

View

作用：bam与sam互转，查看bam文件，对bam进行排序和提取的操作。 - sam与bam互转:-S指定输入文件格式为sam，不加则为bam,-b指定输出格式(默认输出sam)

samtools view -Sb SRR3589956.sam >SRR3589956.bam #重定向符也可以换成-o参数
samtools view -h SRR3589956.bam > SRR3589956.sam #-h置输出sam时带上头注释信息

过滤功能-F：后接flag数字，常用有4（表示序列没比对上）、8（配对的另一条序列，即mate序列没比对上）以及12（两条序列都没比对上）。加上-F就表示过滤掉这些情况 bash #提取一条reads比对到参考序列上的序列结果 samtools view -bF4 abc.bam>abc.F4.bam #提取两条reads都比对到参考序列上的序列结果 samtools view

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samtools提取bam paired-end reads
qq_21478261的博客
09-15 454
通过指定samtools view 的-f /-F/-G参数的FLAGS即可愉快的从bam中提取预期的reads -f INT only include reads with all of the FLAGs in INT present [0] -F INT only include reads with none of the FLAGS in INT present [0] -G INT only EXCLUDE reads with all of the FLAGs in I
samtools 1.7
03-20
samtools源代码. ./configure --prefix=/usr/local && make && make install 安装
samtools sort: failed to read header from “-“
weixin_54434521的博客
04-01 999
报错原因：fastq中有序列的第二行序列和第四行序列质量的长度不一致，导致错误比。
Liunx samtools sort 报错 Bus Error 解决
HTTTThyhu的博客
05-03 1352
Liunx Bus Error报错 求助！！之前使用时没有问题，突然使用samtools sort 就报错了 [hhh@mn02 4.Mapping]$ samtools sort -@ 10 input.bam > prc.sorted.bam Bus error 求大佬们指点一下！不明白怎么突然就这样了 ...
samtools工具的有关命令以及参数
最新发布
m0_58052042的博客
07-29 349
是一个用于处理SAM（Sequence Alignment/Map）和 BAM（Binary Alignment/Map）格式的文件的强大工具集。
[samtools]sort命令简介
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睿智如水
11-15 5万+
samtools sort命令的功能描述：         对bam文件进行排序，不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序，或者使用-n参数以read名称进行排序。将会添加适当的@HD-SO排序顺序标头标签或者如果有必要的话，将会更新现存的一个排序顺序标头标签。sort命令的输出默认是标准输出写入，或者使用-o参数时，指定bam文件输出名。so
BWA比对及Samtools提取目标序列
weixin_56827666的博客
05-13 5138
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backtrack、SW和MEM，第一种只支持短序列比对（<100bp），后两种支持长序列比对(70bp~1M)，并支持分割比对（split alignment）。MEM算法是最新的也是官方推荐的。BWA-MEM 是一种新的比对算法，用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组，例如人参考基因组。它会自动选择局部比
samtools and bwa
03-11
### samtools 和 bwa 在生物信息学中的应用详解 #### bwa：新一代测序数据的高效比对工具 bwa，全称为Burrows-Wheeler Aligner，是一款专为二代测序（Next Generation Sequencing，NGS）产生的短序列设计的高效...
samtools sam查看工具
03-25
samtools是一种多方式处理sam文件的工具，可以将sam文件转换盛bam文件，序列map结果的浏览，call SNPs，计算覆盖深度等
samtools-0.1.9
12-14
breakdancer软件依赖的samtools版本软件，正确的版本有助于breakdancer的使用
bam.bio:一个使用WebAssembly在浏览器中运行samtools基因组学实用程序的游乐场
05-22
安装$ cd web$ npm install$ /usr/bin/python -m SimpleHTTPServer 8000将samtools编译为WebAssembly 参见并运行make samtools 。在WebWorker中运行samtools 使用在WebWorker（即后台线程）内运行samtools，该工具...
解决samtools将sam文件转换为bam文件时多条重复错误的方法：Duplicate entry “1“ in sam header
weixin_51192038的博客
05-26 1367
我今天在用samtools将比对好的sam文件转换为bam文件时，一直出现多条重复的错误，如下图 我尝试了很多方法，找到了bamutil这个软件，可以解决这个问题， 但如果只有一条重复，那可以用下面这个方法 #打印重复的内容 && /1/ ，1需要换成你重复的内容值 awk '/^@/ && /1/ { print } /^[^@]/ { exit }' aln-pe.sam #删除重复的内容 { if (/:1/) 这里面的/:1/，:1需要换成你重复的内容值
samtools及bam文件的相关知识
qq_39306047的博客
03-09 3019
samtools及bam文件的相关知识 如果flag值是0，那么说明测序为单端测序且这条read是primary line，一般是该read的最佳比对。 这里说一下secondary alignment和supplementary alignment的区别，secondary alignment代表的是该条read比对到多个位置，该条记录为次优比对，在双端测序中，代表hardclip，而supplementary alignment标记为该条比对记录为该read的补充比对记录，关于补充比对记录其实就是上文提
samtools 报错及debug
zqyhyunbin111的博客
01-09 1369
使用samtools index，但是提示文件没有sort，很奇怪，文件明明是sort过的？？？ 后来发现是sort 的方式不对，原先的文件是按照name 进行sort的，index参数只能对pos排序的文件进行sort.
samtools常用命令详解
weixin_33883178的博客
03-05 1275
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文...
samtools sort: truncated file. Aborting
single0202的博客
09-15 3869
samtools sort的时候报错： 经搜索是上一步用nohup导致文件中多了一行 https://www.jianshu.com/p/cf19e2185920
samtools sort -@ 4 -t CB -O BAM -o $new $idsamtools排序原理过程
生信小博士的博客
03-26 4288
读取每个小文件的第一个read，将它们按照位置大小排序，选出最小的一个read，将该read写入输出文件中，并从对应的小文件中读取下一个read，并继续进行排序，重复此过程直到所有read都被排序。因此，在进行单细胞的scvelo分析时，通常需要对BAM文件进行排序，以确保后续的数据分析结果的准确性和可靠性。读取每个小文件的第一个read，将它们按照位置大小排序，选出最小的一个read，将该read写入输出文件中，并从对应的小文件中读取下一个read，并继续进行排序，重复此过程直到所有read都被排序。
samtools 使用简述
weixin_30873847的博客
08-02 424
功能如下： 1、View 　　主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数： 　　-b 输出bam格式。。默认是sam文件 　　-h 输出的sam文件带header。。默认不带 　　-H 仅仅输出header 　　-S 输入sam文件。。默认bam文件 　　-u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 　　-c 输出比对上的数 　　-f 输出含有所...
samtools 安装
06-13
`samtools` 是一个用于处理高通量测序数据（如SAM/BAM/CRAM文件）的实用工具集合，它主要用于数据质量检查、比对和分析等步骤。为了安装`samtools`，你需要确保你的系统是Linux或macOS，因为它是基于Unix的。下面是安装`samtools`的一般步骤： 1. **检查是否已安装**：首先，打开终端（Linux/Mac）或命令提示符（Windows），运行 `samtools --version`。如果已经安装，你会看到版本信息；如果没有，会提示未找到命令。 2. **下载预编译二进制包**：如果你的系统是Linux且是常见发行版（如Ubuntu、Debian或CentOS），你可以从软件包管理器（如apt或yum）获取。例如在Ubuntu上： ``` sudo apt-get install samtools ``` 3. **对于macOS用户**，可以使用Homebrew： ``` brew install samtools ``` 4. **对于其他系统或非标准仓库**： - 如果你的系统不是上述的，你可能需要从官方网站 [The Samtools Project](http://www.htslib.org/download/) 下载最新的samtools源代码。 - 解压缩下载的tar.gz文件，进入目录，然后执行 `make` 和 `make install` 命令。 ``` tar -xzf samtools-XX.XX.tar.gz cd samtools-XX.XX make sudo make install ``` 其中XX.XX替换为实际的版本号。 5. **验证安装**：安装完成后，再次运行 `samtools --version`，确认已经成功安装并且能看到版本信息。 如果你遇到安装问题，可能需要查看相应的文档或在网上搜索特定系统的安装指南。
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