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RSS订阅原创 plink --update-name 生成新的variant id（SNP名称）
1000G的文件下下来发现没有variant id，导致plink有些需要指明位点的功能无法操作 plink2 --bfile chr1 --set-all-var-ids @:# --make-bed -out chr1其中@:#表示chr和bp以：连接
2022-04-07 09:16:50
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原创 Linux/Shell中根据一列信息批量提取文件中匹配的特定行
1. 非压缩文件提取看过很多代码，我觉得这个最好用awk 'NR==FNR{a[$1]++}NR>FNR&&($2 in a)' fileA.txt <(cat fileB) > ../out.txtfileA.txt是一列你用来匹配的信息，fileB是你要从中提取数据的文件，导出到out.txt之前也尝试过用#!/bin/bashcat fileA.txt | while read id;do real_id=`echo $id| cut -d
2022-03-28 15:46:21
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原创 Linux查看基因数据压缩包.vcf.gz文件内容
得到超大的基因数据压缩包.vcf.gz，我们想知道他的id是怎样的，里面都包含了什么信息，所以想查看一下他的前几行。但是用一般的看压缩包的方式是看不到的，只会看到乱码。less -S yourfile.vcf.gz即可显示文件前几行的内容。图为1000 genome的数据不断回车，就会继续print到屏幕上。按q退出，返回命令行。...
2022-03-26 10:13:21
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原创 CrossMap基因坐标转换：hg38和hg37互换
CrossMap1. 安装直接通过python安装（好像需要事先装有anaconda3）python --version ##查看自己的python版本pip3 install CrossMap #Install CrossMap supporting Python3pip3 install CrossMap --upgrade #upgrade pip2 install CrossMap #Install CrossMap supporting Python2.7.*pip
2022-03-25 11:43:13
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原创 R语言：str_replace替换数据框特定列的特定字符
代码非常简单temp[,3] <- str_replace(dat1[,3], "chr", "") 重点在于报错了Warning message:In stri_replace_first_regex(string, pattern, fix_replacement(replacement), :argument is not an atomic vector; coercing我用data.table::fread来读入txt；因为我有的col没有element，所以用read
2022-03-18 11:28:04
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原创 Linux集群服务器Xshell挂起任务（断网也不怕）：screen
##在申请任务前先输入screen，即使断网也可后台运行任务；且可同时申请和运行多个任务（多弄几个screen）！！！##screen -S timo##timo是自定义的虚拟终端的名字。如果像我一样，第一次用screen忘了起名字，就打了screen；没关系！screen -ls##查看所有screen；detached即为挂起。句号前的数字为ID；句号后为namescreen -r ID/name##没有名字，输入ID也可进入特定screen；screen -r timo##进如名为
2021-11-29 09:36:51
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原创 SAS cox回归输出协方差矩阵 proc phreg
proc phreg outest=a covout data=str ;class smoke(ref='1') drink(ref='1');model fu_yrs*death(0)= x*smoke/risklimits;strata drink;run;proc print data=a;run;我就是对SAS如此的一窍不通……
2021-09-14 10:21:37
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原创 对比只适用于有两个或多于两个层次的因子
这个博主写了一个debug_contrast_error专门用于看这种情况到底是哪一部出了问题。定义好函数之后，err <- debug_contrast_error(data=dat2)给出你所用的数据中所有factor或characher变量的level
2021-06-11 20:36:09
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原创 SAS macro for mediation with survival data 生存资料的中介效应分析SAS宏
感谢Linda Valeri ！感谢Ellen！
2021-06-11 07:35:49
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原创 R语言-Timo-统计结果输出至本地
使用sink()将运行后的统计结果输出到txtsink(file = "C:/Users/tingt/Desktop/gdmEN.txt", append = TRUE, #当你有多个运算时，可在文件中追加输出，全部写入同一个文件 split = TRUE #如果FALSE，则只在文件输出；TRUE同时在文件和控制台输出 ) print(a) #你要运行的操作sink() #以此结束...
2021-01-11 07:37:53
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原创 R-dummy-R生成哑变量的三种方法
1.` library("nnet")dummy_income <- class.ind(hairPre$income)head(dummy_income) #Display the head 6 linesclass(hairPre$income)#Do not have to as.factor() the variable`2. `library(dummies)#to create dummies for specific variable#Do not have to as.
2021-01-01 19:39:24
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原创 FDR计算
FDR计算FDR的计算很简单，我折腾了一上午主要是因为遇到了以下几个问题。问题：FDR是什么？有什么用？怎么计算？我把几个模型的P值都合并成一个表了，所以每次运算FDR时，我需挑选特定的对象。我有多个模型，所以我想着要如何构建循环。FDR的数据类型和输出结果都是vector，所以要如何把vector的结果写回dataframe里解决：逐一摸索，再次巩固R的基础知识（PS：雷子要赶明天的组会汇报，所以我必须自食其力）。我的FDR理论学习笔记（微博）挑选特定的数值。因为FDR是多次
2020-11-03 11:44:32
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原创 批量多分类logistic回归并导出结果
待解决问题：做代谢组学分析，一共有147种代谢物，需要每个单独和其他选定的协变量一起放入线性回归模型中，依次替换147种代谢物，完成147次回归分析。实现步骤：R语言1、 数据预处理：excel和spss2、 for循环3、 multinom() 线性回归4、 导出结果分析步骤1、2、4参见我之前写的《批量线性回归并整理导出结果到word文档》，这里只讲批量multinom() 线性回归的核心步骤。具体操作：3. multinom() 线性回归timo <- data.fra
2020-10-22 21:34:21
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原创 批量线性回归并整理导出结果到word文档
待解决问题：做代谢组学分析，一共有147种代谢物，需要每个单独和其他选定的协变量一起放入线性回归模型中，依次替换147种代谢物，完成147次回归分析。实现步骤：R语言1、 数据预处理：excel和spss2、 for循环3、 lm() 线性回归4、 导出结果分析具体操作：1. 数据预处理：excel和spssexcel：数据转置，改为横向数据；生成log转化代谢物含量；给代谢物按顺序命名为com1 TO com147spss：可视化检查数据，为多分类变量生成哑变量dummy。2.
2020-10-21 11:06:12
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原创 Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第四章 当索引行不通时
第四章 当索引行不通时Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第三章 使用字符串这是word编辑的最后一章笔记，第五章开始将直接用这个模板记录。本章笔记很少，也很简单。很多方法可以到要用的时候再按需阅读。因为我也是入门，所以对概念的理解可能是边学边增长的。同时我每一章的笔记都是建立在前一章的基础上，所以又是不做太深入的解析，有时也不会解释太基础的概念。可以想象成这些笔记都是思维导图（嗯，唠嗑版的）。Python基础教程（第三版）第四章 当索引行不通时前言一、字典的用途？二、创建和使用字
2020-09-10 15:44:25
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原创 Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第三章 使用字符串
第三章 使用字符串前情提要Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第二章 列表和元组文章目录第三章 使用字符串前言一、字符串基本操作二、设置字符串的格式：精简版字符串方法format模板字符串：三、设置字符串的格式：详细版替换字段替换字段名基本转换宽度、精度和千位分隔符符号、对齐和用0填充对齐说明符四、字符串方法总结前言前四章的笔记都是在word上简单复制来的，排版可能有点confused，第五章开始好好写！一、字符串基本操作前一章所有标准序列操作（索引、切片、乘法、成员资格
2020-09-10 11:00:28
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原创 Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第二章 列表和元组
Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第二章 列表和元组Python基础教程（第三版）学习笔记 第一章 快速上手：基础知识列表和元组Timo学习笔记 ：Python基础教程（第三版）第二章 列表和元组前言一、序列概述Sequence二、通用的序列操作索引（indexing）：访问单个元素。切片（slicing）：访问特定范围内的元素。序列相加乘法成员资格三、列表：python的主力基本的列表操作列表方法四、元组：不可修改的序列总结前言本人公卫博士在读三年级（直博需要读五年），平时也
2020-09-10 10:24:56
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原创 Timo学习笔记：Python基础教程（第三版）学习笔记 第一章 快速上手：基础知识
Python基础教程（第三版）学习笔记第一章 快速上手：基础知识第一章 快速上手：基础知识1.1 交互式解释器1.2 算法是什么1.3 数和表达式1.4 变量1.5 语句1.6 获取用户输入1.7 函数1.8 模块1.9 保存并执行程序1.10 字符串总结第一章 快速上手：基础知识)学习笔记总结，整理个人头绪Timo est parfait ! Ouais ; )仅个人观点 欢迎讨论；互相学习，共同进步。现在上传的是以前word编辑的，所以格式不是很规范，现在看到第四章了，之后的章节再直接用编
2020-09-10 10:04:16
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moloc-master https://github.com/clagiamba/moloc上的资源包
2022-03-22
空空如也
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