CrossMap基因坐标转换：hg38和hg37互换

野柚子__

已于 2022-03-25 15:52:57 修改

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分类专栏： Timo学习笔记文章标签：服务器 shell r语言

于 2022-03-25 11:43:13 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/timo_csdn/article/details/123731401

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本文介绍了使用CrossMap进行基因坐标转换的过程，从安装到文件准备，再到转换操作。强调了在转换过程中，对于版本间不一一对应的位点处理方法，通过记录“Unmap”来实现对应关系的恢复，解决了转换难题。

摘要由CSDN通过智能技术生成

我之前用的是https://snp-nexus.org/，但最近在维护，所以不得不用别的。

我也用过liftOver的网页版，但是遇到几个问题：

如果有的位置只在高版本有，而低版本无，这样就很难一一对应回原有的位置。以为liftOver的输出会直接删掉无对应位置的地方，我要手动看删掉了哪些。
我发现他的转换有错。
我下了R包，发现也是一样。

最后决定用CrossMap

CrossMap

1. 安装

直接通过python安装（好像需要事先装有anaconda3）

python --version ##查看自己的python版本
pip3 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python3
pip3 install CrossMap --upgrade        #upgrade 
pip2 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python2.7.*
pip2 install CrossMap --upgrade

查看文件所在

whereis CrossMap

/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py

加入环境变量。这一步我没有成功；如果你也没有，不用着急，下面通过完整路径调用即可

export PYTHONPATH=/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py:$PYTHONPATH
export PATH=/home/user/installati

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