TwoSampleMR-R教程两样本孟德尔随机化（原来真的就是这么简单……）

野柚子__

已于 2022-07-17 14:16:43 修改

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分类专栏： Timo学习笔记文章标签： r语言开发语言

于 2022-03-02 08:45:12 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/timo_csdn/article/details/123183047

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本文介绍了如何使用R语言的TwoSampleMR库进行两样本孟德尔随机化分析，包括从数据读取到结果整合的全过程。强调了工具变量的选择、结局变量的提取、回文序列的判断以及数据预处理的重要性。同时，文章讨论了MR分析的不同方法、敏感性分析以及如何解释变异的影响。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. 工具变量

install.packages("remotes")
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")##To update the package just run the command again
install.packages("readxl")

读取本地文件

方法1：先改变量名，然后format_data()读取自己整理好的工具变量文件，命名如下图。注意，命名区分大小写，不正确则无法读取

##name:SNP	beta	se	effect_allele	eaf	exposure	chr	position	gene	pval	samplesize	mr_keep
HcyIV <- as.data.frame(read_excel("IV_Hcy.xlsx"))
library(TwoSampleMR)
Hcy_exp_dat <- format_data(HcyIV, type="exposure")

方法2：直接用read_exposure_data()读，然后code改。尽可能提供多的信息，方便后期画图

HcyIV.2 <- read_exposure_data(
  filename = "IV_Hcy2.csv",
  sep = ",",
  snp_col = "SNP",
  beta_col = "beta",
  se_col = "se",
  effect_allele_col = "effect_allele",
  #other_allele_col = "a2",
  eaf_col = "eaf",
  pval_col = "pval",
  #units_col = "Units",
  #gene_col = "Gene",
  samplesize_col = "samplesize"
)