CCLE:肿瘤细胞系百科全书

最新推荐文章于 2024-11-27 15:44:30 发布
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CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）是 Broad Institute 发起的项目，提供1457个肿瘤细胞系的基因组数据，包括CNV、融合基因、表达谱、突变和甲基化等信息。用户可以检索基因或细胞系，查看分布、散点图、突变数据、融合信息及甲基化状态。数据库提供数据下载，是肿瘤研究的重要资源。

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欢迎关注”生信修炼手册”!

CCLE全称如下

Cancer Cell Line Encyclopedia

是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目，收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据，包含了以下类别

  1. CNV profiles

  2. DNA fusion profiles

  3. gene/miRNA Expression profiles

  4. Mutation profiles

  5. DNA methylation profiles

  6. reverse phase protein array(RPPA) profiles

该数据库的网址如下

https://portals.broadinstitute.org/ccle

简单注册之后就可以查看其中的数据，最新版本共包含了1457个细胞系的相关数据，示意如下

通过首页的检索按钮，可以根据基因或者细胞系进行检索，以TP53为例，示意如下

检索结果包含以下几个部分

1. Distribution by Lineage
最低0.47元/天 解锁文章
TCGA肿瘤数据分析专题
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!癌症作为人类健康的头号杀手，其研究的意义不言而喻。目前世界范围内已经有大量的肿瘤相关数据，鉴于公共数据库的数据挖掘成为一种趋势。GEO是一个国际化的开源项目，允...
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CCLE 数据库
最新发布
pumc_2023的博客
11-27 1774
输入目的细胞名称，待跳出如下页面后，一直下拉页面到如下图所示，看到Mutation词条，此时显示的就是该细胞中有突变的基因list，同样Fusion的词条是融合的基因list，Translocation的词条则是一些易位的基因list（友情提醒：这些都是可以下载的信息哦~）选择Mutations模块下面的View details in the Characterization tab按钮，左下角可以下载细胞List在Excel中进行筛选。
CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）数据库使用
Eric_blog的博客
07-26 1万+
数据库简介 CCLE数据库几个知识点 CCLE中细胞系表达谱的GEO数据库GSE36133 CCLE数据库数据下载链接
Depmap分析、可视化CCLE数据
qq_27390023的博客
09-29 5445
全称“Cancer Cell Line Encyclopedia”，可以看做是【癌症细胞系的百科全书】CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）,是由Broad Institute 研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目，涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等，是研究肿瘤的利器。Depmap癌症依赖图，系统地识别基因和药物依赖性以及预测它们的生物标记。CCLE数据数据可视化和分析可通过。
Cancer Cell Line Encyclopedia
weixin_30897233的博客
07-10 1892
https://portals.broadinstitute.org/ccle 转载于:https://www.cnblogs.com/0820LL/p/11163630.html
这个在线数据库帮你分析基因在细胞系当中的表达情况，介绍及使用教程
leroylee7的博客
10-30 1万+
相信大家都听说过CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）（地址见文末）。简单来说，这个数据库做了很多细胞系当中基因表达、突变、拷贝数以及DNA甲基化的结果。利用这个数据库我们可以了解一个细胞系当中某一个基因的基本情况。那么这么丰富的数据要如何使用呢？下面我们简单介绍一下。 根据官网链接进入主页面，如下图所示：输入基因名或者细胞系名后检索即可。 这里我们以基因YTHDF1为例，输入后提交。 可以看到YTHDF1的相关信息简介及通往其他外部gene数据库的链接。.
GWAS ATLAS:最全面的GWAS数据库
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欢迎关注”生信修炼手册”!GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果，并进行了不同表型间的遗传相关性分析，对应的文献发表在nature genetics上，...
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基因在细胞系当中的表达数据库，CCLE使用简述
leroylee7的博客
01-29 1万+
相信大家都听说过CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）。简单来说，这个数据库做了很多细胞系当中基因表达、突变、拷贝数以及DNA甲基化的结果。利用这个数据库我们可以了解一个细胞系当中某一个基因的基本情况。那么这么丰富的数据要如何使用呢？下面我们简单介绍一下。 根据官网链接进入主页面，如下图所示：输入基因名或者细胞系名后检索即可。 这里我们以基因YTHDF1为例，输入后提交。 可以看到YTHDF1的相关信息简介及通往其他外部gene数据库的链接。 ...
分享一个CCLE细胞系数据(CCLE数据库不能用了吗？)
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CCLE药物敏感性及基因表达数据下载方法
weixin_44003026的博客
12-15 1480
点击datasets，然后选择Broad_Depmap_data，选择自己需要的数据类型然后选择下载，这里我选择了counts数据。
对CCLE数据库可以做的分析--转载
weixin_34406086的博客
12-06 4407
转载：http://www.bio-info-trainee.com/1327.html   收集了那么多的癌症细胞系的表达数据，拷贝数变异数据，突变数据，总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多，但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多，我挑了其中几个，解读了一下别人是如何利用这个数据的，当然，主要是用那个mRNA的表达数据咯！ 第一篇：http://journals.plos.org...
一款表达谱数据分析的神器--CCLE--转载
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12-06 2404
现在做生物和医学的，很多都可能会和各种组学数据打交道。其中表达谱数据总是最常用的，也是比较好测的。即使在工作中不去测序，也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘，找一找不同表型（比如癌症）对应的marker或者调控的通路。这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E，亲测比较好用，满足常用需求，可以做各种热图，聚类，箱图，相似分析和标记筛选等等，而且非常小巧。       进入软件之后，界面如...
初步分析CCLE和GDSC的数据——RNA表达矩阵
imnoqiao的专栏
06-27 6284
CCLE是Cancer Cell Line Encyclopedia的简称， 是与肿瘤有关的细胞系的百科全书项目。 GDSC是Genomics of Drug Sensitivity in Cancer的简称，其中也有细胞系的药物敏感性数据。 下载细胞系的相关信息文件 wgetftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/project/cancerrxgene/releas...
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利用ccle数据库获取样本耐药信息，并使用weka进行构造分类器区分耐药与不耐药的样本。
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使用ccle网站下载IC50细胞系数据
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2021最新常用肿瘤生信数据库收藏级汇总！
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今天小编为大家分享的是全网最全的肿瘤生信分析的数据库合集！ 小编为大家爆肝整理了近百个数据库！共分10大类。今天小编先为大家分享前5类。 在整理的过程中，小编发现一些虽然是以前经常被大家推荐使用的数据库，但却已不再维护了，早已不能正常使用了，这种数据库小编也已经贴心的帮大家过滤掉了。那就快来看看有没有你需要的吧！ 数据库分类 综合性肿瘤数据库 肿瘤转录组数据库 基因组数据库 遗传变异数据库 DNA甲基化数据库 蛋白组数据库 肿..
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