本文探讨了在基因组序列中寻找与目标蛋白质最匹配的外显子的问题，提出使用局部相似性方法来识别候选外显子。通过将外显子结构化为权重区间，并定义了非重叠区间的最大链求解算法，旨在找到最大的非重叠外显子集合。EXONCHAINING算法用于解决此问题，通过计算最长路线确定最优解。
人类大部分基因组序列都是被垃圾DNA序列分隔成一段段，给定一个已知的目标蛋白质和基因组序列，在该基因组序列中找出一组子字符串（候选外显子），使得其拼接（剪接）与目标蛋白质最匹配（即去掉垃圾DNA序列）。一个强力方法是寻找基因组序列与目标蛋白质序列间的所有局部相似性。若第一个取自基因组序列的子字符串展示了充分相似性于目标蛋白质，那么这个子字符串可被认为是一个推定的外显子。
将推定外显子结构化为基因组序列中的赋权区间，它可用三个参数（l、r、w）来描述，l、r分别是推定的外显子的左边、右边的位置，w为其权重。权重w可反该区间是一个外显子的可能性。
链是不重叠赋权区间的任一集合，一个链的总权重是该链中所有区间的权重之和。
最低0.47元/天 解锁文章
5676
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
