外显子测序简介

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外显子测序，也叫做外显子捕获测序。首先利用序列捕获技术将外显子区域的DNA捕获并富集，然后进行高通量测序。外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点，包括SNP和INDEL。

外显子区域占整个人类基因组1%的比例，但是却包含了85%左右的已知疾病变异。相比全基因组测序，外显子测序成本低，而且可以检测到全基因组测序鉴定不到的一些SNP位点。

目前市场上主流的外显子捕获试剂盒是以下3家公司的产品：

1. Roche

2. Agilent

3. Illumina

Roche的Nimblegen SeqCap EZ Exome Kit；Agilent的SureSelect Exome kit; Illumina公司的TrueSeq Exome Kit。

Nimblegen SeqCap EZ Exome Kit目前为v3版本，链接如下

https://sequencing.roche.com/en/products-solutions/by-category/target-enrichment/hybridization/seqcap-ez-exome-v3-kit.html

从下图可以看出，这款试剂盒覆盖的区域是最广泛的。

SureSelect Exome kit 目前为v7版本，链接如下

https://www.genomics.agilent.com/en/SureSelect-DNA-Target-Enrichment-Baits-NEW/SureSelect-Human-All-Exon-V6/?cid=AG-PT-124&tabId=AG-PR-1308

V7是今年才出来的最新版，目前大部分的数据还是基于v6版的。

illumina 是目前最大的二代测序仪厂商，其外显子试剂盒价格比较低，应用的也很多。链接如下

https://www.illumina.com.cn/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/truseq-exome.html?langsel=/cn/

外显子区域富集完成之后，就是高通量测序了，目前主流的测序平台还是illumina, 包括Miseq, Hiseq和Novaseq。
对于外显子数据而言，基础分析的核心就是snp calling。常规的分析流程包括以下几步：

1. 质量过滤

2. 比对参考基因组

3. 鉴定snp位点

4. snp位点相关注释

目前最主流的snp calling工具就是就是GATK，其官网提供了一整套best practices可以参考。在后续文章中，会依次介绍相关的分析工具。

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