宏基因组测序Metagenomic sequencing
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wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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“鸟枪换炮”,nanopore测序在宏基因组中的应用
“鸟枪换炮”,nanopore测序在宏基因组中的应用2003年使用一代测序破译sars病毒用了4个月,2020年初使用二代测序破译新冠病毒用了4天,现在使用使用nanompore纳米孔测序只需7个小时。技术一直在快速进步,是时候“鸟枪”换炮了。基于鸟枪法(Shotgun Sequencing)的高通量测序已经走过10多年,在宏基因组领域的应用也超过10年,在这10多年里,基于二代测序高通量的特性,在宏基因组,16S测序中已经取得了非常大的进展。然而,二代测序读长短、建库周期长、无法实时测序等技术.原创 2021-02-16 10:25:22 · 1638 阅读 · 0 评论 -
链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用
链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用链读测序(Linked-read sequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进宏基因组组装。但目前还不清楚在使用链读测序时参数的选择对组装的质量的影响如何。近日,香港浸会大学研究人员发表文章 "通过链读测序对宏基因组组装全面研究"。模拟数据和模拟菌群中的分析结果表明,模拟数据(simulated data)中读取深度(C)与组装序列的长度呈正相关,但对组装序列的.原创 2021-02-16 09:58:56 · 734 阅读 · 0 评论 -
Science:便携式DNA测序仪在检测病毒疫情中大显身手
Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak2018年尼日利亚拉沙热疫情中心的宏基因组测序The 2018 Nigerian Lassa fever season saw the largest ever recorded upsurge of cases, raising concerns over the emergence of a strain with increased tr原创 2021-01-19 21:23:01 · 262 阅读 · 0 评论