PacBio long read
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wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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Graph Convolutional Network(GCN)
深入浅出GCN------Graph Convolutional Network文章目录深入浅出GCN------Graph Convolutional Network1 什么是GCN?2 提取拓扑图空间特征的两种方式?3 GCN的过度平滑问题?4 GCN相关资料?1 什么是GCN?类似于社交网络、信息网络这样的图论中抽象意义的拓扑图。2 提取拓扑图空间特征的两种方式?vertex domain(spatial domain)是非常直观的一种方式。顾名思义:提取拓扑图上的空间特征,那原创 2023-02-09 15:01:49 · 223 阅读 · 0 评论 -
测序平台和测序技术是怎么对应的?
测序技术迄今经历了三代的发展。原创 2022-06-16 16:46:38 · 432 阅读 · 0 评论 -
HG-CoLoR用一个变阶de Bruijn graph混合校正高噪声长读数
HG-CoLoR用一个变阶de Bruijn graph混合校正高噪声长读数1 简介 几年来,长读长测序技术不断发展,可以解决大型复杂基因组的组装问题,在此之前,仅使用短读长测序技术很难解决这些问题。 这些长读长测序技术的两个主要参与者是 Pacific Biosciences 和 Oxford Nanopore。 后者随着 MinION 设备的发布,可以在一台简单的笔记本电脑上运行,实现了低成本和简单的长读取测序。尽管长读长可以达到数十 kbps 的长度,但它们也达到了非常高的错误率,太平洋生原创 2022-05-05 22:37:37 · 415 阅读 · 0 评论 -
ReMILO
为了进一步提升组装错误检测算法的性能,本文提出了一种新的算法一 ReMILO,同时使用短读长和相似物种的基因组以及长读长来检测组装错误。 ReMILO引入例如多种数据源,选择参考基因组和长读长,主要是基于以下两点: (1)随着第二代测序技术成本的下降,越来越多物种的基因序列被测定。因 此,使用一个相似物种的基因组来提高重叠群的质量变得可行。Schneeberger127]通过将短读长比对到参考基因组上来重组重叠群,Aligngraph[28]借助参考基因组来扩展预组装的重叠群。RACA[291和R..原创 2021-08-29 15:49:45 · 121 阅读 · 0 评论 -
使用短 Illumina 读取和长 PacBio 读取对混合校正和组装进行基准测试
Benchmarking Hybrid Correction and Assembly Using Short Illumina Reads and Long PacBio ReadsMa Dongna;Zhang Xingtan;Wei Liufeng;Li Yiying;Zhong Weimin;Zhao Qian;YouMinsheng;State Key Laboratory of Ecological Pest Control for Fujian and Taiwan Crops, Fuji原创 2021-08-22 17:19:37 · 499 阅读 · 0 评论 -
大数据时代千帆竞发,三代测序激流勇进
大数据时代千帆竞发,三代测序激流勇进2021-08-20 11:0921世纪是生物的世纪,也是基因科技蓬勃发展和被广泛应用的世纪,每一代基因测序技术,无一例外地伴随着核心工具的变革和新应用场景的产生。而今,随着基因测序技术的变革,基因测序又迈进了单分子测序时代,即三代测序时代。纵观基因测序技术的历史,从1977年Sanger发明第一台测序仪,到2005年Roche发布第一台二代测序仪454 GS20,再到Stephen W Turner & Jonas Korlach博士发明三代测序..原创 2021-08-21 13:39:26 · 225 阅读 · 0 评论 -
MECAT:PC组装人的基因组
MECAT:PC组装人的基因组MECAT测序技术组装简史今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件,号称资源浪费少,绿色又环保,而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。看到这个题目,大多数人的反应,肯定是小编忘吃药了。no no no 小编今天很正常,利用个人PC来组装人的基因组绝对不是痴人说梦。首先,小编先给大家介绍一些关于组装的历史。大家肯定也知道,这个组装技术的发展是依赖于测序技术的。首先在一代测序的时候,测序数据量较少,成本较高,人们对于组装的结果预期也比较低,弄到contig..原创 2021-08-19 14:17:48 · 605 阅读 · 0 评论 -
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法2021-01-07 15:54新基因组组装是基因组学最重要的任务之一。三代测序技术(PacBio和Oxford Nanopore)可解决基因组重复区域的组装难题,提高基因组完整性,已成为基因组组装主流技术。其中,纳米孔(Nanopore)测序技术的迅速发展更使得测序成本显著降低,并且由于其可实现超长读长(高达1Mbp),在复杂基因组组装中具有天然优势。然而,目前Nanopore的测序错误分布广泛(1.原创 2021-08-16 11:44:26 · 347 阅读 · 0 评论 -
Comprehensive Evaluation of Error-Correction Methodologies for Genome Sequencing Data基因组测序数据纠错方法的综合评
Comprehensive Evaluation of Error-Correction Methodologies for Genome Sequencing DataYun Heo1,Gowthami Manikandan1,Anand Ramachandran1,Deming Chen1Nakaya Helder I.1, editors.In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane (AU): Exon Publications; ...原创 2021-08-12 12:26:51 · 153 阅读 · 0 评论 -
PacBio SMRT Sequencing
细节CD Genomics 提供 PacBio SMRT 测序以补充我们的 NGS 设施。通过利用 PacBio 开发的长读长和单分子测序能力,我们很自豪能够提供先进的基因组从头组装解决方案和全长基因/转录本测序策略,以满足您的项目需求。PacBio SMRT测序简介单分子实时 (SMRT) 测序采用专门的流通池,其中包含数千个带有透明底部的单独皮升孔 - 零模波导 (ZMW)。聚合酶固定在孔的底部,并允许 DNA 链通过 ZMW。因此,该系统可以专注于单个分子。SMRT 测序允许对与单个..原创 2021-07-30 14:43:24 · 930 阅读 · 0 评论 -
如何理解PacBio的准确度?
Understanding Accuracy in SMRT Sequencing【字体:大中小】时间:2015年04月29日来源:基因有限公司编辑推荐: 第三代测序中的PacBio单分子实时(Single Molecule Real-Time, SMRT)DNA测序可以实现超过99.999%(QV50)的高度精确测序,且不受DNA序列中GC和AT含量的影响,平均读长可达10-15kb(*长>40kb),这是如何实现的呢?这是因为SMRT技术在与DNA测序...原创 2021-01-29 20:30:12 · 946 阅读 · 0 评论 -
从HiFi read 看 SMRT测序技术的准确性
编辑推荐: 对于运用测序技术解决科学问题的研究人员而言,测序结果的准确性至关重要。然而如何确定测序结果的准确性,则是一个难题,更别说在各个测序平台之间进行对比和取舍。作为以长读长测序技术为显著特点的第三代单分子测序技术,其准确性又如何呢?对于运用测序技术解决科学问题的研究人员而言,测序结果的准确性至关重要。然而如何确定测序结果的准确性,则是一个难题,更别说在各个测序平台之间进行对比和取舍。准确性在不同技术间不仅有差异,在基因组的不同区域,特别是本身就难以读取的区域,更是存在着...原创 2021-01-29 20:26:14 · 824 阅读 · 0 评论 -
PacBio如何获得又长又准确的reads
编辑推荐: Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序(CCS)为基础开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序(CCS)为基础开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。这篇题为“Highly-ac.原创 2021-01-29 20:25:05 · 545 阅读 · 0 评论