序列拼接
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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第三代基因组测序与拼接 Genome Assembly for Third-Generation Sequencing
Title:Genome Assembly for Third-Generation Sequencing题目:第三代基因组测序与拼接Abstract: The recent breakthroughs in assembling long error-prone reads (generated by third-generation sequencing) were based on ...原创 2019-12-12 17:23:49 · 1351 阅读 · 0 评论 -
序列比对-BLAST
一.BWABWA主要是将reads比对到大型基因组上,主要功能是:序列比对。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation,BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引,然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。由三种类似算法组成:BWA-backtrack,BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。三种算法的使用范围BWA-back...转载 2019-05-19 18:33:15 · 20308 阅读 · 1 评论 -
序列拼接
序列拼接29 Oct 2016故事从Self的一个bug说起。在Self中,序列的拼接是由traits indexable的joinUsing:方法实现,具体行为是以某一分隔符将序列组拼接为单一序列。Self原先的实现是以序列的第一元素类型作为返回值的类型。这样如果组中没有任何序列,joinUsing:不是返回一个空白序列,而是报empty collection error的错误。在报...转载 2019-05-19 18:36:01 · 3588 阅读 · 0 评论 -
序列拼接工具Bowtie使用说明
序列拼接工具Bowtie使用说明2011-06-08~ADMINBowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之,bowtie非常适合下一代测序技术。...转载 2019-05-19 18:39:42 · 2272 阅读 · 0 评论 -
高通量测序技术和序列拼接算法探析
摘 要: 高通量测序 (High-throughput Sequencing, HTS) 技术是继第一代测序技术之后发展起来的一种新型测序方式, 又被称为下一代测序技术。与第一代测序技术中采用基于Sanger方法的自动、半自动毛细管测序方法不同, 高通量测序技术采用了基于焦磷酸测序的并行测序技术, 是对传统测序技术的一项重要技术突破, 它不仅克服了第一代测序技术高成本、低通量、低速度的缺...原创 2019-09-27 16:12:19 · 2738 阅读 · 0 评论