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de novo assembly新的基因组装配
文章平均质量分 79
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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基因组组装
基因组组装前言基因组组装(Genome assembly)是生物信息学领域的核心问题,基因组组装就是把序列测序产生的读取片段reads经过序列拼接组装,生成基因组的碱基序列。基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组。基因组组装这个步骤对于基因组分析是十分关键的,因为目前二代测序技术获得的测序序列一般都较短,需要组装拼接成较长的完整的序列用于进一步分析,例如长序列能提高物种注释分析的准确性。宏观来说,基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapp原创 2021-09-08 15:51:58 · 5814 阅读 · 0 评论 -
基因拼接
基因组拼接方法de novo定义:from the beginning(从头拼接), no reference genome guided(无参考基因组)三类de novo基因拼接的计算方法:1. Greedy algorithm:对于含重复区的序列拼接效果不好Shortest common string (SCS):最短的、包含原序列S中所有的k-mer的序列但是Greedy algorithm为追求最短的序列或者最多的重叠,出现了“吃掉”重复区间的问题。2. Overlap La原创 2021-02-20 11:28:58 · 2665 阅读 · 0 评论 -
基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究
基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究摘要:生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域,转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。而RNA测序的出现,在计算上给转录组的拼接提供了一定的挑战。在目前,转录组的拼接算法主要是基于参考基因组的拼接方法与从头拼接方法。虽然基于参考基因组的方法比从头拼接方法更有突破性,不过基于参考基因组的拼接方法,仍然存在着一定的致命缺点,即为要有一个高质量的参考基因组。而从实际情况分析,绝大多数的生物根本不.原创 2021-02-20 11:28:01 · 2041 阅读 · 1 评论 -
基因组 组装
基因组 de novo 组装原理Falcon软件的组装流程为了错误校正,将原始子reads进行overlap 预组装和错误校正 错误校正后reads的overlap检测 overlap的过滤 从overlap构建图 从图构建contigs几个解释:sub-reads是啥?为什么要进行错误校正?校正的原理是什么?length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思,为什么要设置这两个参数?sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads,方原创 2021-02-20 11:18:39 · 6320 阅读 · 0 评论 -
Genome-scale de novo assembly using ALGA 使用ALGA进行 基因组规模的从头组装
使用ALGA进行基因组规模的从头组装Sylwester斯瓦特,阿图尔·拉斯考斯基(Artur Laskowski)扬·巴杜拉(Jan Badura)沃伊切赫Frohmberg,帕维尔·沃西乔夫斯基(Pawel Wojciechowski)亚历山德拉·斯威兹(Aleksandra Swiercz)玛塔·卡斯普扎克(Marta Kasprzak),雅克(Jacek Blazewicz)作者须知生物信息学,btab005,https://doi.org/...原创 2021-01-25 19:16:31 · 319 阅读 · 0 评论 -
de novo assembly是新的基因组装配
de novo assembly是新的基因组装配,(de novo 的意思是全新,assembly是序列拼接),即在没有参考序列的情况下进行序列拼接,对未知基因组序列进行测序,利用生物信息学分析手段,对序列进行拼接、组装,从而获得其基因组的图谱。但这是个相对的概念,比如如果有了人类基因组作参考,那拼chimpanzee的就不是de novo,而算ab initio。此外还会有人对测序的覆盖度(coverage)和测序的深度(depth)概念混淆。 对于coverage,由于大片段拼接的gap(空.原创 2021-01-25 19:11:31 · 1632 阅读 · 0 评论