Nanoppore
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wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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大数据时代千帆竞发,三代测序激流勇进
大数据时代千帆竞发,三代测序激流勇进2021-08-20 11:0921世纪是生物的世纪,也是基因科技蓬勃发展和被广泛应用的世纪,每一代基因测序技术,无一例外地伴随着核心工具的变革和新应用场景的产生。而今,随着基因测序技术的变革,基因测序又迈进了单分子测序时代,即三代测序时代。纵观基因测序技术的历史,从1977年Sanger发明第一台测序仪,到2005年Roche发布第一台二代测序仪454 GS20,再到Stephen W Turner & Jonas Korlach博士发明三代测序..原创 2021-08-21 13:39:26 · 215 阅读 · 0 评论 -
nanopore测序技术专题(六):测序错误率太高无法使用?
nanopore测序技术专题(六):测序错误率太高无法使用?十二年前,你嫌illumina测序错误率高,不愿第一个吃螃蟹;七年前,你嫌pacbio的错误率高,觉得应该在等等;四年前,你担心国产的BGIseq错误率高,不愿尝试;现在你还是害怕nanopore测序错误率高,怕投入失败,决定还是坚守二代,等后面测序质量提高的吧。对不起,“君生我未生,我生君已老”。而且不仅为你写诗,还为你点歌:爱一个测序仪好难……测序错误太高怎么办按我对测序仪的评价标准,准确性第一位,测序读长第二位,然后是通量,价.原创 2021-02-16 10:17:09 · 1520 阅读 · 0 评论 -
Nanopore测序在基因组 de novo中的应用
Nanopore测序在基因组 de novo中的应用自1977年第一代sanger测序问世来,经过几十年的发展,测序技术得到了极大的发展。从第一代测序到第二代测序再到第三代测序,测序技术的每一次变革都对基因组学的研究产生了巨大的推动作用。利用第一代测序技术人类完成了拟南芥、线虫、果蝇等模式物种的基因组测序;第二代测序使得几百个动植物基因组完成了测序,但是第二代测序读长较短,无法跨越基因组中的高重复、高杂合区域,所以用二代测序完成的物种基因组组装质量大都不是很高,甚至一些复杂的物种用二代测序难原创 2021-02-16 10:02:47 · 992 阅读 · 0 评论 -
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Comprehensive evaluation of error correction methods for high-throughput sequencing data高通量测序数据误差修正方法的综合评价4.2.1 Illumina ToolsThe input read sets were corrected using the 17 error correction tool...原创 2019-11-02 16:13:32 · 181 阅读 · 0 评论 -
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Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data应用于Nanopore RNA测序数据的长读误差校正软件的比较评估AbstractMotivation: Nanopore long-read sequencing technology...原创 2019-11-02 11:28:58 · 286 阅读 · 0 评论 -
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An Error Correction and DeNovo Assembly Approach for Nanopore Reads Using Short Reads一种使用短read的纳米孔读错误校正和从头装配方法文摘:背景:误差校正是NGS数据分析和处理中的一项重要工作。错误纠正的目的是为了方便对大型项目进行数据分析,比如de novo assembly项目。在此,我们提出...原创 2019-11-02 11:01:55 · 241 阅读 · 0 评论