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RSS订阅原创 生信软件 | Trimmomati （质量控制，修剪低质和接头序列）
介绍Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter，根据碱基质量值修整FASTQ序列文件支持单末端（SE），双末端（PE）测序数据支持多线程，gzip，bzip2压缩的FASTQ文件支持phred-33 和 phred-64 格式互相转化，目前多数Illumina测序数据为phred-33格式安装conda install -c trimmo...
2019-03-26 20:13:48
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原创 Conda 安装使用图文详解（2024版）
图文详解 Conda 开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题支持语言包括 Python，R，Ruby，Lua，Scala，Java，JavaScript，C / C ++，FORTRAN支持在Windows，macOS和Linux上运行Conda可以构建不同的环境，同时可以对环境进行保存，加载和切换操作conda包和环境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中。
2019-03-26 19:41:00
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原创 Pycharm 远程开发调试环境搭建（图文详解）
文章目录配置远程目录配置远程环境配置Python Console 和 Shell Terminal配置远程目录打开Tools -> Deployment -> Configuration点击左上角+新建一个远程连接填写连接名和连接协议填写远程连接参数设置编码格式UTF-8填写本地与远程目录，需要注意的是这里的远程目录是相对上一步的Root...
2019-03-18 11:45:17
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原创 生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献
相信 Entrez 的强大是有目共睹的，BioPython 将它几乎所有操作都封装为方法，使我们可以更加方便的利用这个强悍工具。对于分析比对多个序列文件时的工作量说多了都是泪。比如，老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静，那么，接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。一、自...
2019-03-13 22:14:05
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原创 生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI
相信大家在上一文中下载fasta的时候还没有感觉到下载是多么复杂，但是对于分析比对多个序列文件时，这个工作量说多了都是泪。比如，老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静，那么，接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。一、Entrez 库1.1 Entrez 介绍Entr...
2019-03-13 22:12:15
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原创 生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列
上一篇文章自己造轮子实现了序列的基础操作，但是在Python的世界里，一项工作只要重复的次数多了，那么一定就会有大神来开发相应的包来解决，这个包名就是 Biopython 。接下来我们试着使用它来实现简单的序列处理。一、准备工作1、 按照上一篇下载fasta文件的步骤，可以同理得到GeneBank的数据格式2、现在我们的目录结构是这样的3、安装Biopython，这里有两种方案：3....
2019-03-13 22:09:45
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原创 生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列
一、 序列数据的下载在开始了解序列的处理流程时，我们先要知道序列下载网址。其中一个知名的网站就是NCBI （National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心。1、通过如下的网站进入 NCBI ，可以看到它包含许多的子库，其中 Gene 就是我们一般下载基因序列的库，接下来，在后面的输入框输入 oct4 并点击 Search。...
2019-03-13 22:07:27
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原创 MySQL datatime与timestamp设置自动更新
datetime 的自动更新增加一列并设置自动更新ALTER TABLE 'table_name' ADD COLUMN 'date' datetime NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP COMMENT create time' ;修改已有列为自动更新ALTER TABLE 'table_name' MODIFY COLUMN 'date' datetime N...
2019-03-09 14:06:00
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原创 MySQL 大数据量导入时：MySQL server has gone away
问题导入大数据量的 sql 文件时，出现MySQL server has gone away配置文件对导入文件大小有限制解决修改配置文件(my.ini 或者 my.cnf)max_allowed_packet = 100000后面数值因需求而定...
2019-03-05 11:29:54
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原创 MySQL 远程连接及错误的解决
设置可远程连接账户mysql -uroot -pgrant all on *.* to baimoc@'%' identified by '123456' with grant option;flush privileges;baimoc这个用户不一定要存在（可以按需要去取名），%表示可任意ip访问查看设置是否成功use mysql;select user, host from ...
2019-03-04 21:49:40
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生物信息聚类热图_示例数据
2019-09-08
空空如也
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