2020年07月_白墨石

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原创 Django 使用 ORM 操作数据库详解

ORM 是个啥？在python中的一个默认的编写规范是一切皆对象，这样做使得代码简洁，结构清晰，便于维护和重用代码，同时极大的提升开发效率。同样在操作数据库时，一般我们用SQL语句来实现操作，但是放在Python中是一串冗长的字符串，不利于调试和修改，更不符合上面提到的规范。所以，有大佬就提出ORM来替代原生的SQL语句，说白了ORM 就是要给缩写，代表着对象-关系-映射简写全称中文OObject对象RRelational关系MMapping映射

2020-07-27 10:06:11 3851

原创 R 数据可视化 03 | 圈图

文章目录一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置RCircos安装二、绘制圈图0.载入包1.绘制人染色体圈图2.绘制基因5.绘制折线图6.绘制网络图7.添加和弦图三、导出PDF成品预览：一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)RCircos安装options()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options()$BioC_mir

2020-07-19 16:33:10 3821 2

转载 G2 基础教程

G2 图表组成简介为了更好得使用 G2 进行数据可视化，我们需要了解 G2 图表的组成以及相关概念。完整的 G2 图表组成如下图所示：坐标轴 AXES每个图表通常包含两个坐标轴，在直角坐标系（笛卡尔坐标系）下，分别为 x 轴和 y 轴，在极坐标轴下，则分别由角度和半径 2 个维度构成。每个坐标轴由坐标轴线（line）、刻度线（tickLine）、刻度文本（label）、标题（title）以及网格线（grid）组成。查看 Axis 教程获取更多信息。图例 LEGEND图例作为图表的辅助元素

2020-07-15 21:15:36 7498 1

原创生信自动化分析流程 nf-core 的离线运行（图文详解）

Nextflow 支持自动获取在网络上的所有流程，包括流程代码，软件，参考基因组，甚至远程数据源如果需要在离线的系统运行你的分析。需要几个额外的步骤即可在本地获取到一个完整的流程Nextflow在系统安装好 Nextflow下载最新版：https://github.com/nextflow-io/nextflow/releaseschmod +x nextflow-20.04.1-all./nextflow-20.04.1安装好后，修改配置文件禁止Nextflow自动更新vim ~/.ba

2020-07-15 21:04:16 4466 1

原创 MySQL报错解决：Error:1294–Invalid ON UPDATE clause for “time” column

报错：解决：可以为Null默认为Null长度为0设置根据当前时间戳更新原因：因为timestamp类型默认有字段长度,指定长度会于之前的冲突

2020-07-14 09:15:39 5547

原创高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

文章目录一、测试环境及工具二、Aspera 下载三、安装及配置1. 解压2. 安装3. 配置许可4. 配置程序环境变量5. 配置秘钥四、测试1. 一个例子2. 常用参数介绍3. 下载地址的构建4. EBI查询整个项目的资源文件6. 查看下载链接五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？一、测试环境及工具Linux（Ubuntu 18.04.1）Aspera （Aspera Connect version 3.9.9.177872）Aspera 适用于所有的 Linux 版本，可以按步骤测试在

2020-07-07 21:15:33 9881

原创 Ubuntu 更新软件镜像源

文章目录1.打开设置2.打开后粘贴最新镜像源3.最后更新本地源1.打开设置cd /etc/apt/cp sources.list sources.list.bakvi /etc/apt/sources.list2.打开后粘贴最新镜像源比如，清华的镜像，最新版：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/ubuntu/选择自己的 Ubuntu 版本，复制下面的代码到 sources.list# 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度，

2020-07-06 11:03:38 2267 2