【生物信息学】R语言中RMarkdown的安装和使用vscode进行R语言的开发

R语言的安装

WIndows系统安装R语言非常简单，在R语言的官网就可以下载到msi格式的安装包，下载后可以直接双击安装。

安装完成后，会自动安装一个RGui，这个编辑器可以直接编写R语言的脚本或者是执行命令。

如果需要使用Rmarkdown最简单的方式是使用Rstdio这个IDE，但是因为Vscode集成了非常好用的copliot，所以这里选择使用Vscode进行开发。
首先去下载一个vscode，微软官网下载下载速度可能非常慢，所以在这里可以使用迅雷等支持加速的下载器进行下载，下载后正常安装，如果本机没有Python环境也需要进行一个Python环境的安装，可以安装anaconda或者是手工添加Pyhton，手工安装的话注意配置Path变量，最后可以在CMD环境下执行pip命令。
pip install radian
radian 也是一款R语言的编辑器，其本身基于Python，所以需要Pyhton环境。
然后打开RGUI，安装需要的依赖包。

install.packages("ggplot2")
install.packages("openxlsx")
install.packages("rmarkdown")
install.packages("languageserver")
install.packages("httpgd")

可能还会缺其他安装包，到时候不能用的话，缺啥安装啥
接下来需要安装pandoc，Github地址是https://github.com/jgm/pandoc/releases，安装需要的版本，然后使用下方命令测试是否可用。

重启GUI之后可以看到返回结果为TRUE

如果是全局安装后，不需要设置环境变量，如果非全局，需要配置一下环境变量，Windows中设置的是指向目录，而不是具体程序

接下来安装vscode的插件，R，R debug，以及vscode-pandoc
然后进行配置，一般而言，需要配置radian的位置，以及使用radian进行R的编译，打开settings，搜索相关的配置项，进行配置如下图所示。

配置位置，好像全局能打开Radian就不用配置了。


配置httpgd

建立一个Rmd文件，这种文件是Markdown语法，并且支持R语言的运行和输出结果，类似于Python中的jupyter，点击vscode右上角的preview可以进行分栏查看。

要运行的代码写在代码块中使用```{r}作为语言标志，在此代码块中的代码会显示并且将运行结果显示在下方。