使用mclust进行聚类分析

最新推荐文章于 2024-02-23 14:53:26 发布

徐洲更hoptop

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分类专栏：生物信息学文章标签：生物信息生信

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mclust(Model-based clustering) 能够基于高斯有限混合模型进行聚类，分类以及密度估计(density estimation)。对于具有各种协方差结构的高斯混合模型，它提供了根据EM算法的参数预测函数。它也提供了根据模型进行模拟的函数。还提供了一类函数，整合了基于模型的层次聚类，混合估计的EM算法，用于聚类、密度估计和判别分析中综合性策略的贝叶斯信息判别标准。最后还有一类函数能够对聚类，分类和密度估计结果中的拟合模型进行可视化展示。

简而言之，mclust在R语言上实现了基于高斯有限混合模型的聚类，分类和密度估计分析，并且还有专门的可视化函数展示分析结果。

和mclust功能相似的其他R包: 'Rmixmod', 'mixture', 'EMCluster', 'mixtools', 'bgmm', 'flexmix'

安装和加载

在已有的R语言的基础上，只需要运行如下代码即可

# 安装
install.packages("mclust")
# 加载
library(mclust)

聚类实战

以一个例子来介绍一下如何使用mclust进行聚类分析。我们得要先加载一个来自于R包'gclus'的数据集'wine'，该数据集有178行，分别是不同区域的品种葡萄， 14列，其中后13列是化学分析的测量值。我们的目标是将其进行分类。

第一步: 加载数据集

install.packages("gclus")
data("wine", package = "gclus")
dim(wine)

第二步 : 使用Mclust做聚类分析. Mclust主要功能就是分析当前的提供的数据是由什么统计模型

# 第一列和聚类无关
X <- data.matrix(wine[,-1])
mod <- Mclust(X)

直接在交互行输入mod会得到如下信息

'Mclust' model object: (VVE,3) 

Available components: 
 [1] "call"           "data"           "modelName"     
 [4] "n"              "d"              "G"             
 [7] "BIC"            "bic"            "loglik"        
[10] "df"             "hypvol"         "parameters"    
[13] "z"              "classification" "uncertainty"

这里需要对结果稍作解释，第一行告诉我们'Mclust'以VVE模型将数据分为3类。第3行开始，它告诉我们'Mclust'的输出结果中包含了如下内容，我们可以通过$来提取。举个例子，我们提取Mclust的聚类结果和已知结果进行比较

table(wine$Class, mod$classification)
# 如下是输出信息
     1  2  3
  1 59  0  0
  2  0 69  2
  3  0  0 48
# adjustedRandIndex:评估聚类效果
adjustedRandIndex(wine$Class, mod$classification)

从结果中，我们发现仅有2例没有正确聚类，说明Mclust的效果很好。但是随之而来的问题是，Mclust如何挑选模型以及它为什么认为聚成3类比较合适呢？我们可以根据什么信息进行模型选择呢？

模型选择

为了解答上面的问题，我们需要稍微了解点Mclust的原理。和其他基于模型的方法类似，Mclust假设观测数据是一个或多个混合高斯分布的抽样结果，Mclust就需要根据现有数据去推断最优可能的模型参数，以及是由 q几组分布抽样而成。mclust一共提供了14种模型（见下表），可以用?mclustModelNames可以查看mclust提供的所有模型。

模型总结

为了对模型有一个直观的理解，mclust提供了这些模型数据分为三组前提下在二维中的形状。

二维的模型形状

继续回到之前的问题，Mclust如何确定模型和确定分组数目。之前我们调用Mclust时，除了必须设置的输入参数，没有修改其他参数。其实Mclust可以设置的参数不少，和问题直接相关的是如下两个参数

G: 分组数，默认情况下是1:9
modelNames: 待拟合的模型，默认使用所有14种。

也就是，Mclust默认得到14种模型1到9组的分析结果，然后根据一定的标准选择最终的模型和分组数。

Mclust提供了两种方法用于评估不同模型在不同分组下的可能性

BIC( Bayesian Information Criterion ): 贝叶斯信息判别标准
ICL( integrated complete-data likelihood ): 综合完全数据可能性

Mclust默认用的就是BIC，因此我们可以用plot.Mclust绘制其中BIC变化曲线

plot.Mclust(mod, what = "BIC", 
     ylim = range(mod$BIC[,-(1:2)], na.rm = TRUE), 
     legendArgs = list(x = "bottomleft", cex =0.7))

BIC曲线

Mclucst会选择其中BIC最大的模型和分组作为最终的结果。

此外我们可以用MclustBIC和MclustICL分别进行计算

par(mfrow=c(1,2))
BIC <- mclustBIC(X)
ICL <- mclustICL(X)

从中选择最佳的模型分组和模型作为输入

mod2 <- Mclust(X, G = 3, modelNames = "VVE", x=BIC)

可视化展示

mclust为不同的输出都提供了对应的泛型函数用于可视化，你需要用plot就能得到结果。例如对之前的聚类结果在二维空间展示

drmod <- MclustDR(mod, lambda = 1)
plot(drmod)
# 会提供一些列选项让你选择, 展示不同的结果
# Dimension reduction for model-based clustering and classification plots: 

1: scatterplot
2: contour
3: classification
4: boundaries
5: density
6: evalues
# 以1为例

plot

mclust还有很多其他功能，例如密度估计，自举推断(Bootstrap inference)，这些内容建议阅读"mclust 5: Clustering, Classification and Density Estimation Using Gaussian Finite Mixture Models "