基于igv.js的一个小工具

当我想查看软件运行结束后得到的BAM, BigWig, BED和GTF文件时，我都需要先把他们下载到本地，然后用IGV打开。每每这个时候，我就会非常痛苦，因为我懒得下载。

为了解决这个问题，我基于igv.js 写了一个Python脚本，可以根据提供的参考基因组，bam文件输出一个网页，然后通过利用 node.js 或者 Python的网页服务器打开一个端口，直接在网页上进行查看。

代码地址: https://github.com/xuzhougeng/myscripts/blob/master/igv_web.py

可以下面这行代码进行下载脚本, 例如我放在了家目录

wget https://raw.githubusercontent.com/xuzhougeng/myscripts/master/igv_web.py

python3 ~/igv_web.py  -r ref/genome.fa -m 01-read-align/*.bam -b feature.bed

接着用python的 SimpleHTTPServer 模块启动一个网页服务器

/usr/bin/python -m SimpleHTTPServer 9999

当然更加推荐使用npm的http-server，通过网页进行访问

npx http-server ./ -p 9999 -a 0.0.0.0

效果如下