使用igv.js插件在浏览器中展示基因组

最新推荐文章于 2024-09-25 07:50:34 发布

卡西莫多的礼物

最新推荐文章于 2024-09-25 07:50:34 发布

阅读量5.7k

点赞数 1

分类专栏： bioinformatics javascript

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_35696312/article/details/84587553

版权

本文介绍了如何利用igv.js插件在浏览器中展示基因组和reads覆盖。igv.js由Broad Institute开发，支持加载fasta、bam、vcf等文件。通过加载js文件、创建div容器及配置文件，可以自定义显示不同类型的基因组数据。

摘要由CSDN通过智能技术生成

igv是一款非常好用的展示基因组和reads覆盖的工具，由Broad institute研究所开发，目前除了桌面应用以外，还开发了igv.js的插件，可以用于浏览器的展示，我们可以在github上了解到该项目的相关内容https://github.com/igvteam，而关于igv.js的详细使用说明我们可以见https://github.com/igvteam/igv.js/wiki。现在让我们来看一下如何使用igv.js插件吧。

第一步是加载igv的js文件

 <script src="https://igv.org/web/release/2.0.1/dist/igv.min.js"></script>

第二部是写一个用于放置浏览器的div标签

<body>
  <div id='igv-div'></div>
</body>

第三部则是写配置文件

 var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
  var options = {
    genome: "hg19",
    //fastaURL:'http://127.0.0.1:8089/igv.js_test/chr22.fasta',
    //indexURL:'htt