Seurat执行FindNeighbor出现invalid class “Graph“ object: superclass “Mnumeric“ not defined报错

最新推荐文章于 2025-01-06 18:57:27 发布

徐洲更hoptop

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分类专栏： Rdebug 生物信息学文章标签： bug

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博客作者在更新R包后遇到Seurat运行错误，问题源于Matrix包新版本1.3-3的不兼容。解决方案是降级Matrix到1.3-2。通过卸载现有Matrix包，从存档安装旧版本，并测试Seurat，问题得到解决。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

前些天发现自己系统里的一些R包实在太久了，于是头脑一热就把所有包都升级了。结果运行Seurat的时候，就卡在 FindNeighbor 了。运行到一半就提示如下报错

Error in validObject(.Object) : 

  invalid class “Graph” object: superclass "Mnumeric" not defined in the environment of the object's class

于是我发动科研工作者的技能，search，查了查相关的资料，发现已经有人在Seurat的GitHub中讨论了这个问题，原因是 Matrix package (1.3-3) 新版本不兼容，解决方法就是降级到1.3-2

首先，我们需要卸载当前的Matrix

remove.packages("Matrix")

然后从存档里安装旧版本的Matrix

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.3-2.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

国内用户可以用情况镜像源 (文件也就是1.9Mb，应该不需要用到国内镜像进行加速)

packageurl <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.3-2.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

然后测试下, 发现问题已经解决了。

library(Seurat)
pbmc_small <- FindNeighbors(pbmc_small, reduction = "pca", dims = 1:10)

参考资料

https://github.com/satijalab/seurat/issues/4436