CreateSeuratObject时遇到Some cells in meta.data not present in provided counts matrix

我把 h5ad文件导入R用来创建Seurat对象时，遇到了以下问题：

library(Seurat)
library(anndata)

ad <- read_h5ad("adata.h5ad")
de_count = t(as.matrix(ad$X))
meta <- ad$obs 
de_cell_type = data.frame(Barcode = rownames(meta),Cluster = meta$cell_type)


seu_obj <- CreateSeuratObject(counts = de_count, meta.data = de_cell_type, assay = 'Spatial')

报错信息是：

Warning message:
In CreateSeuratObject.default(counts = de_count, meta.data = de_cell_type,  :
  Some cells in meta.data not present in provided counts matrix

这会导致有些细胞的注释是错误的，具体来说，在原始的注释矩阵中：

r$> de_cell_type$Cluster %>% as.character() %>% unique()
#[1] "CD8T"                      "Endothelial"               "Malignant"                 "Fibroblasts"               "SMC"                       "Endometrial stromal cells"
#[7] "Mono Macro" 

可以看到一共有7个细胞类型。

但是在创建好的seurat对象中查看注释：

r$> seu_rat@meta.data$Cluster %>% as.character() %>% unique()
#[1] NA                          "Fibroblasts"               "Malignant"                 "SMC"                       "Endothelial"               "CD8T"                     
#[7] "Endometrial stromal cells" "Mono Macro" 

可以看到多了一个NA，说明有些细胞注释失败了。

虽然不知道是为什么，但是可以用以下办法解决：

解决办法：

把输入进CreateSeuratObject函数的注释矩阵de_cell_type的行名设置成Barcode（与输入的counts矩阵的列名Barcode一致）

rownames(de_cell_type) <- de_cell_type$Barcode

如果我没解释清楚的请随时提问。