关于seurat和matrix包报错

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1.5-1版本Matrix报错：

1.6.5版本Matrix报错：

1.5.3版本Matrix解决问题

1.5-1版本Matrix报错：

R包之间相互不兼容就会出现报错：

版本：
R version 4.2.2 (2022-10-31 ucrt) -- "Innocent and Trusting"

packageVersion('Seurat')##查看版本
[1] ‘4.3.0’

此时的Matrix版本为1.5-1

报错：Error in validityMethod(as(object, superClass)) :  找不到对象'CsparseMatrix_validate'

# 1.51版本Matrix
pbmc <- ScaleData(pbmc, vars.to.regress = "percent.mt")
#Error in validityMethod(as(object, superClass)) : 
#  找不到对象'CsparseMatrix_validate'

原因是：Matrix包的矩阵问题。为什么Seurat中的FindNeighbor给予“未找到'CsparseMatrix_validate'”错误？ _大数据知识库 (saoniuhuo.com)

从2022年9月起，在R-devel邮件列表的this thread中讨论了潜在问题。CsparseMatrix_validate是在Matrix1.5-3中定义的，用于替换虚拟类CsparseMatrix的现有有效性方法。问题是在Matrix1.5-3（或更新版本）下构建的某些包在其命名空间中缓存了有效性方法，但没有缓存CsparseMatrix_validate的定义。
调用cached方法时，必须在安装的任何版本的Matrix中找到CsparseMatrix_validate。如果该版本早于1.5-3，则找不到该符号，结果就是您看到的错误。
要为所有用户解决这个问题，问题包的维护者应该将Matrix (>= 1.5-3)放在他们包的DESCRIPTION文件中Imports或Depends下。
在此之前，个人用户只需安装Matrix1.5-3（或更新版本）

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1.6.5版本Matrix报错：

1.6.5版本Matrix：Computing SNN  
Error in validObject(.Object) :  
类别为“Graph”的对象不对: superclass "mMatrix" not defined in the environment of the object's class

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1.5.3版本Matrix解决问题：

于是直接下载1.53版本进行测试。（下载本地安装更加方便）

https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.5-3.tar.gz

> packageVersion('Matrix')
[1] ‘1.5.3’

不得不说这个R包和相关配置的包一定得对应。。。

参考：

为什么Seurat中的FindNeighbor给予“未找到'CsparseMatrix_validate'”错误？ _大数据知识库 (saoniuhuo.com)

 报错处理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found - 简书 (jianshu.com)