RDKit | 计算拓扑极性表面积TPSA

极表面积（PSA）

        化合物的极性表面积（PSA）是分子表面极性部分的面积值的总和。极性部分通常在诸如氧或氮的杂元素周围，因此可以认为这些部分结构是加在一起的。

 

PSA的特点

        PSA是描述分子的极性和脂溶性的描述符，例如辛醇/水分配比（logP）。在PSA和膜渗透性的实验数据之间发现了很好的相关性。例如太大PSA（140埃2具有上述化合物）已被经验已知为具有低的膜渗透性。

 

分子构象

        从定义中可以看出，计算PSA需要分子的三维结构。由于分子不一定具有一个构象，因此柔性分子可能需要找到几种构象的PSA。。

分子表面计算

必须计算出某个三维结构/构象的分子表面，才能计算出PSA。分子表面是范德华表面，并且缺乏均匀性。

 

拓扑极性表面积（TPSA）