RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮

最新推荐文章于 2024-07-23 02:07:22 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： python RDKit 化学信息学

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本文介绍了如何使用RDKit库在化学结构中实现指定原子或键的高亮显示。通过HilightChemAtom.py脚本，用户可以指定MOL文件中的原子序号和键号，配合RGB颜色值进行高亮操作，输出结果为PNG或SVG图像。

摘要由CSDN通过智能技术生成

基于RDKit的指定原子或键高亮

指定原子或键高亮

HilightChemAtom.py

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG
from io import BytesIO
from PIL import Image
from cairosvg import svg2png
import argparse


def generate_image(mol, highlight_atoms, highlight_bonds, atomColors, bondColors, radii, size, output, isNumber=False):

    print(highlight_atoms)
    print(highlight_bonds)
    print(atomColors)
    print(bondColors)

    image_data = BytesIO()
    view = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(size[0], size[1])
    tm = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol)

    option = view.dra

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