OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

最新推荐文章于 2024-09-13 21:41:10 发布
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分类专栏： # Open Babel 文章标签： Open Babel
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OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

 

实例：

 

obabel -imol2 FragmentLibrary.mol2 -opdbqt -O FragmentLibrary.pdbqt


 

 

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Open Babel-开源
04-27
Open Babel是一个化学工具箱，旨在使用多种语言表达化学数据。 这是一个开放的协作项目，任何人都可以搜索，转换，分析或存储分子建模，化学，生物化学或相关领域的数据
ConvertMAS:ConvertMAS转换化学文件格式mol，mol2和sdf。-开源
04-29
ConvertMAS-分子转换器； 用于转换化学文件格式。 它适用于mol，mol2和sdf文件。 它将单个文件转换为相应的格式。 它将具有多个分子的sdf文件拆分为任何所需格式的单独的单个文件。 ConvertMAS还会根据mol，mol2和sdf文件的连接来创建sdf文件。 这是独立的应用程序； 因此，无需互联网连接即可获得结果。 它将在更短的时间内生成输出文件。 各种在线工具可用于转换化学文件格式； 但是ConvertMAS主要有效地作用于mol，mol2和sdf。
win10平台利用Open Babel批量转换小分子为pdbqt文件
懒得很的博客
11-07 1万+
如题，没啥再需要摘要的了。
Open Babel 项目常见问题解决方案
gitblog_09494的博客
09-13 345
Open Babel 项目常见问题解决方案 openbabel Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. ...
使用OpenBable将文件夹中的pdbqt文件批量转换成.mol2文件
woyaomaishu8的博客
11-26 4120
使用OpenBable将文件夹中的pdbqt文件批量转换成.mol2文件 babel *.pdbqt –omol2 –m
分子对接发现，mol2使用autodock tools(linux版本）转化为pdbqt文件后，在discovert studio上看发现化学键是断裂的，这是正常的吗？
weixin_46207310的博客
10-30 504
太奇怪了，化学键居然是断裂的...
Mol2文件处理-拆分、合并、提取名称、计数与格式转换
Blockbuater_drug
03-06 1869
Mol2格式文件是常用的分子结构存储文件，可以在一个.Mol2文件中记录单个或多个分子的立体结构信息、电荷信息以及其他信息。本文介绍Mol2分子处理的常见操作，包括文件合并与拆分，分子名称修改，分子计数与变量传递等。
分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换
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BioInfoNotes
02-05 1万+
TCGA|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor| 服务器与Linux接前文：分子对接教程 | (1) 软件安装准备分子对接教程 | (2...
Open Babel 分子格式转换工具
发呆的比目鱼的博客
01-25 3356
Open Babel 分子格式转换工具
Open Babel 的使用说明
博客而已
05-30 4251
Open Babel是很好用的生化数据格式转换工具，有window和linux的版本，今天介绍linux版里的相关命令。
openbabel-2.4.1.tar.gz
05-22
OpenBabel的核心在于其强大的分子转换能力。它能够读取和写入超过150种不同的化学文件格式，包括Mol、pdb、xyz等常见格式，以及更专业化的格式如SMILES和InChI。这种广泛的格式支持使得研究人员在不同软件和数据库...
convert0.2_批量转化分子格式的小程序
05-28
Convert使用说明:可以批量转化各种格式的分子文件，像mol2,sdf,pdb等等。 实现的了分子名称的对应转化的目标，如a.mol2转化成sdf格式后变成a.sdf,以此类推。 实现了目录独立性，不要再去粘贴convert.exe的文件了。 可以设置系统的环境变量
convert_批量转化分子格式的小程序
12-17
Convert使用说明:可以批量转化各种格式的分子文件，像mol2,sdf,pdb等等。
openbabel-2.4.1-cp34-cp34m-win32
08-19
openbabel-2.4.1-cp34-cp34m-win32
openbabel-2.4.1-cp27-cp27m-win_amd64
08-19
openbabel-2.4.1-cp27-cp27m-win_amd64
openbabel-2.4.1-cp37-cp37m-win32
08-19
openbabel-2.4.1-cp37-cp37m-win32
openbabel-2.4.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
最新发布
10-19
openbabel-2.4.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Openbabel批量转换的步骤
xk6891的专栏
05-03 3452
系统win7 20160516 下载并安装Open Babel，然后Windows键+R键，再输入cmd进入命令提示符进行操作，然后输入操作命令。 首先进入你需要转换文件的路径，不能有中文。然后输入命令 Obabel *.input format –ooutput format –O file .output format –m --gen3d Input format是要进行转换的文件的格式 output format是输出文件的格式 -m是让转换的文件为一对一的，不加的话转换的文件会被合并到一个文
openbabel软件下载
08-15
你可以通过以下几种方式下载和安装Open Babel软件: 1. 使用pip安装: 在Windows上打开命令提示符，然后运行以下命令: ``` pip install openbabel ``` 2. 下载最新版本并自行安装: - 首先下载最新版本的Open Babel软件包，比如openbabel-3-1-0.tar.gz。 - 解压下载的文件，并进入解压后的目录。 - 在命令提示符中运行以下命令: ``` python setup.py install ``` 3. 使用CMake构建Open Babel: - 首先下载Open Babel的源代码包，比如openbabel-2.4.1.tar.gz。 - 解压下载的文件，并进入解压后的目录。 - 创建一个build文件夹，并进入该文件夹。 - 运行CMake来配置构建过程，使用以下命令: ``` cmake -DRUN_SWIG=ON -DPYTHON_BINDINGS=ON .. ``` - 编译和安装Python绑定，使用以下命令: ``` make make test make install ``` 总之，Open Babel是一个免费开源的化学文件转换程序，用于在分子建模、计算化学和其他相关领域中进行文件格式之间的相互转换。你可以根据你的需求选择合适的方式进行安装。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [Open Babel下载安装](https://blog.csdn.net/qq_39889473/article/details/125862604)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* [CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定](https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/72229085)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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