分子对接发现，mol2使用autodock tools(linux版本）转化为pdbqt文件后，在discovert studio上看发现化学键是断裂的，这是正常的吗？

1.问题情况

        太奇怪了，化学键居然是断裂的...

2.初步猜想

        实际上在Discovery studio上看是断裂的，但是pymol看是连接起来的，目前检索到的是两种结论：

        （1）有些软件显示功能不全，对于pdbqt文件无法很好地建立化学键的归属

        （2）我对接的时候由于是批量对接（2000条多肽），就没有使用chemDraw进行画图，也没有进行能量最小化，可能是没有对mol2转化的pdbqt文件进行能量最小化所致。

3、实验验证

        我需要将某一个看起来化学键断裂的pdbqt文件，进行能量最小化后再进行对接，查看对接前后pdbqt文件是否也是断裂的。

2021年11月3日更新

4、新情况

       发现实际上将pdbqt文件，利用pymol转化为pdb文件后，discovery studio读取后一切显示正常。推测原因为，我的discovery studio版本对pdbqt文件无法正确识别读取。之后使用discovery studio读取对接后的文件前，应将pdbqt转化为pdb方可。