生信
风语者666
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
perl里面的位运算
无论是 & (位与),|(位非,注意不是‘||’),还是 >>(右移),原创 2023-05-05 23:27:53 · 193 阅读 · 1 评论 -
病原体拷贝数计算
病原体拷贝数计算原创 2023-02-08 16:18:20 · 114 阅读 · 0 评论 -
时间/日期操作
日期操作原创 2023-02-01 18:12:59 · 53 阅读 · 0 评论 -
[报错]Makeconfig:43: *** missing separator. Stop.
编译技巧原创 2023-01-14 17:15:21 · 639 阅读 · 0 评论 -
Perl 捕获子进程错误
【代码】Perl 捕获子进程错误。原创 2023-01-01 23:03:24 · 204 阅读 · 0 评论 -
perl保存数据结构
转自:http://blog.chinaunix.net/uid-20727529-id-766600.html原创 2021-06-07 23:59:07 · 353 阅读 · 2 评论 -
pandas列操作的效率问题
pandas中尽量不用使用循环原创 2022-11-01 22:37:24 · 227 阅读 · 0 评论 -
pandas dataframe的一个技巧
定义一个空的DataFrame原创 2022-09-17 23:19:34 · 276 阅读 · 0 评论 -
python的正则表达式
pandas 正则表达式原创 2022-08-25 09:10:05 · 245 阅读 · 0 评论 -
python函数传参的一个问题
python传参原创 2022-08-18 14:51:38 · 576 阅读 · 0 评论 -
推测肿瘤细胞拷贝数
根据肿瘤细胞含量,cnvkit反馈的基因拷贝数,推测肿瘤细胞拷贝数。原创 2022-08-11 16:03:53 · 189 阅读 · 0 评论 -
R语言data.frame的用重名调用
R语言data.frame的用重名调用原创 2022-08-04 10:57:43 · 1091 阅读 · 0 评论 -
perl语言哈希的一个诡异之处
也就是说,如果你嵌套判断哈希的key,则上一层的key会自动被生成。原创 2022-07-21 01:27:48 · 67 阅读 · 0 评论 -
samtools flags 查看flags
samtools flags 1294$samtools flags 12940x50e 1294 PROPER_PAIR,UNMAP,MUNMAP,SECONDARY,DUP$samtools flags 2560x100 256 SECONDARY$samtools flags MUNMAP0x8 8 MUNMAP$samtools flags UNMAP0x4 4 UNMAP$samtools fl原创 2022-05-26 15:32:27 · 304 阅读 · 0 评论 -
snpSift的吊诡之处
1. 用作测试的数据库vcf文件:database_test.vcf##fileformat=VCFv4.1##fileDate=2021-11-06##source=Inhouse##reference=GRCh37##ID=<Description="Variation ID">##INFO=<ID=TEST,Number=.,Type=String,Description="the code representing an annotation">#CHRO.原创 2021-11-07 01:04:58 · 301 阅读 · 0 评论 -
transvar使用汇总
输入格式#chr11:51515698_51515699dupTG#chr11:51515699_51515700insTG#chr14:75498786_75498787insT#chr14:75498786delT#NM_014381.2:c.3742dupA#NM_014381.2:c.3742delA#NM_014381.2:c.3740A>C#用基因组坐标而不用c.XXX作为输入信息的原因#transvar不接受c.3742dupA之类含有dup的输入...原创 2021-11-05 23:56:34 · 687 阅读 · 0 评论 -
samtools index的一个坑
今天被自己坑了一把。samtools index a.bam b.bam上面这样写,b.bam将是a.bam的bai文件。如果写作samtools index a.bam则会生成一个a.bam.bai文件,这个a.bam.bai文件的md5值会与b.bam一模一样原创 2021-10-26 23:52:34 · 2554 阅读 · 0 评论 -
自己写的检测cis/trans的脚本
/mnt/lustre/user/wubin/01.Program/Scripts/01.script/GeneLab/check_EGFR_790_797.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;use Getopt::Long;my ($read_len, $chr, $pos1, $ref1, $alt1, $pos2, $ref2, $alt2);my $usage =<<qq;perl $0 /mnt/lustre/user/wubin/03.原创 2021-09-03 22:13:48 · 317 阅读 · 0 评论 -
perl hash中嵌套数组的一些操作
#!/usr/bin/perl -wuse strict;#以下这三个可以挨个试试#my %Sample = ('China'=>[14,960]);#my %Sample = ('China'=>[]);my %Sample = ();#my %data = ('google'=>'google.com', 'runoob'=>'runoob.com', 'taobao'=>'taobao.com');foreach my $i(@{$Sample{'Ch.原创 2021-07-30 15:19:53 · 652 阅读 · 0 评论 -
perl里面hash的一个问题
#!/usr/bin/perl -wmy %hash = ();#这三行是错的,不会起作用save_in_array($hash{'China'}{'Area'}, 960);save_in_array($hash{'China'}{'Area'}, 1300);save_in_array($hash{'China'}{'Area'}, 1350);#这三行才是对的save_in_array(\@{$hash{'China'}{'Area'}}, 960);save_in_array(.原创 2021-07-23 08:07:52 · 98 阅读 · 0 评论 -
在perl程序运行前修改@INC
如果要设定一个模块的搜索路径,又不想在“~/.bashrc”中去永久性的添加一行 “PERL5LIB”。那可以在脚本中直接修改@INC;#!/usr/bin/perl -wuse strict;use File::Basename;use Cwd;use lib '/mnt/lustre/user/wubin/01.Program/Scripts/01.script/GeneLab';use Common;my $common = bless {}, 'Common';=pod这.原创 2021-07-22 16:39:42 · 991 阅读 · 0 评论 -
用perl模块修改hash值
建立一个perl模块Test.pm#!/usr/bin/perl -wpackage Test;require Exporter;use strict;use warnings;use File::Basename;our @ISA = qw(Exporter);our @EXPORT = qw(parseChoose parseinterval parseconfig creatSubDir processTumorNorm getCanerType);our @version =原创 2021-07-21 16:07:24 · 215 阅读 · 0 评论 -
perl Spreadsheet::ParseXLSX包里面的识别合并单元格
my $parser_batch = &getparser($file_batch);my $workbook_batch = $parser_batch->parse($file_batch);my $h2p = Lingua::Han::PinYin->new(capitalize => 1);if ( !defined $workbook_batch ) { die $parser_batch->error(), ".\n";}#这是X...原创 2021-07-20 09:10:40 · 881 阅读 · 0 评论 -
shell里面的wait
建立一个a.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;foreach my $i(0..10){ print "$i\n"; sleep(1);}建立一个b.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;foreach my $i(0..10){ print "$i==b\n"; sleep(1);}建立一个a.shperl a.pl >a.o 2>.原创 2021-07-08 16:21:05 · 140 阅读 · 0 评论 -
perl的包
Perl包bless原创 2021-06-25 13:01:53 · 548 阅读 · 0 评论 -
perl里面的%ENV
建立一个a.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;my $a = 'China';$ENV{'country'} = $a;exec("perl b.pl");#system("perl b.pl");print "KKKKKK\n";建立一个b.pl原创 2021-06-03 10:55:34 · 810 阅读 · 0 评论 -
umi_tools使用
1. 提取MUI信息到readnameumi_tools extract --bc-pattern=NNNNNNN --bc-pattern2=NNNNNNN \ -I ./V300056107_L01_1069_1.fq.gz \ -S ./20B2128957_HuKaiMing_DX0503.extract.reconcile.1.pe_1.fq \ --read2-in=./V300056107_L01_1069_2.fq.gz \ ...原创 2020-09-15 23:10:07 · 4400 阅读 · 0 评论 -
vcf文件的index
GATK在处理vcf文件的时候,需要vcf文件有index文件。要么是*.vcf.idx, 要么是.vcf.gz.tbi.假如一个vcf文件名为 “a.vcf”; .1. 可以用“a.vcf”生成 “a.vcf.idx”,方法如下:igvtools index a.vcf #其实很多软件都可以做到2. 可以用生成“a.vcf.gz.tbi”,方法如下:bgzip -c a.vcf >a.vcf.gz #这里必须先用bgzip压缩tabix -...原创 2021-02-19 08:55:57 · 3242 阅读 · 0 评论 -
GO条形图
library(ggsci)library(ggplot2)#========================================================================dat = read.table('rna-protein.GO_for_graph2.xls',head=T,sep='\t')GO_term_order=factor(as.integer(rownames(dat)),labels=dat$Description) #这一步是排序,非常重要.原创 2021-02-09 15:29:54 · 865 阅读 · 0 评论 -
perl 哈希的一个问题
#!/usr/bin/perl -wuse strict;my %hash = ();$hash{('A','B')} = ['C','D']; #这样没问题#$hash{('A','B')} = ('C','D'); #这样是错的原创 2021-02-04 14:21:42 · 63 阅读 · 0 评论 -
xml解析
#!/home/wubin/miniconda3/bin/python# -*- coding: utf-8 -*-# https://blog.csdn.net/weixin_39274753/article/details/82221859 优先使用xml.etree.ElementTree模块# https://blog.csdn.net/weixin_36279318/article/details/79176475 这个讲得也不错# https://blog.csdn.net/yiluo.原创 2021-02-02 15:07:32 · 77 阅读 · 0 评论