samtools index的一个坑

今天被自己坑了一把。 

samtools index a.bam b.bam

上面这样写,b.bam将是a.bam的bai文件。

如果写作 

samtools index a.bam

则会生成一个a.bam.bai文件,这个a.bam.bai文件的md5值会与b.bam一模一样

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