推测肿瘤细胞拷贝数

最新推荐文章于 2023-01-14 17:15:21 发布
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分类专栏： R语言 生信 文章标签： r语言 开发语言
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 根据肿瘤细胞含量，cnvkit反馈的基因拷贝数，推测肿瘤细胞拷贝数

calc = function(P,R){
	#R:病理质控的肿瘤细胞含量
	#P:数据反馈的某基因拷贝数
	#C:肿瘤细胞中某基因的拷贝数
	C = P + (P-2)*(1-R)/R
	return(C)
}

举例: 

> calc(2.5, 0.7)
[1] 2.714286

风语者666
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专栏目录
行业分类-设备装置-基于单肿瘤样本拷贝数变异及缺失类型检测方法、计算机.zip
08-31
根据压缩包内的文件名称“基于单肿瘤样本拷贝数变异及缺失类型检测方法、计算机.pdf”，我们可以推测这是一个详细的报告或教程，详细介绍了上述的检测方法和技术，可能涵盖了实验设计、数据分析流程、结果解释等方面...
使用infercnv对单细胞转录组进行拷贝数变异推断（上，原理）
weixin_44493991的博客
07-24 1003
图1展示了正常细胞（WT）拷贝数变异的情况：正常细胞原本有2份 DNA 拷贝（CN=2），但是在肿瘤细胞中，由于错误的删除/扩增导致 DNA 拷贝数不再是2（CN=0/1/3/4），这种情况就被称作基因CNV。它通过比较肿瘤细胞与正常细胞（或参照细胞）的基因表达水平，推断出肿瘤细胞中的染色体拷贝数变化，如扩增或缺失，进而帮助识别恶性细胞的特征。：考虑到肿瘤样本中通常含有不同比例的正常细胞（即污染），InferCNV 还能够估计肿瘤细胞的纯度，即恶性细胞的比例，这对于准确推断拷贝数变异至关重要。
TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心
庐州月光的博客
06-25 1630
欢迎关注”生信修炼手册”!肿瘤的形成过程中涉及到了多种类型的基因组变异，比如点突变，拷贝数变异，基因融合等等，肿瘤和遗传病不同，各种基因组变异是后天形成的，所以在肿瘤研究中，关注的是体细...
基于Matlab的肿瘤细胞识别系统.rar
09-29
【标题】: "基于Matlab的肿瘤细胞识别系统" 在当今的医学研究中，自动化的细胞识别技术在疾病诊断和治疗中发挥着至关重要的作用，尤其是对于癌症这种高致死率的疾病。Matlab作为一款强大的数值计算和数据可视化软件...
归档 2.zip_推测
07-14
标题中的“归档 2.zip_推测”表明这是一个关于推测技术的资料集合，可能是某个课程或研究项目的第二部分。描述中提到的“利用随机模拟进行有效现实生活推测，具体要通过Matlab来实现”揭示了本压缩包的核心内容，即...
防U盘拷贝防U盘拷贝.rar
10-19
标题中的“防U盘拷贝防U盘拷贝.rar”显然指的是一个针对USB设备的安全管理软件，用于防止未经授权的U盘在电脑上进行数据拷贝，以保护信息安全和防止数据泄露。这种软件通常通过USB端口加密技术实现，对USB设备进行...
U盘文件拷贝(1).rar
05-31
标题中的“U盘文件拷贝(1).rar”暗示了这是一个关于U盘文件自动化拷贝的工具包，可能包含一个程序和其他辅助文件。这个工具能够后台运行，这意味着它可以在用户不直接操作的情况下持续工作，自动将U盘上的文件复制到...
umi_tools使用
u014210048的专栏
09-15 4839
1. 提取MUI信息到readname umi_tools extract --bc-pattern=NNNNNNN --bc-pattern2=NNNNNNN \ -I ./V300056107_L01_1069_1.fq.gz \ -S ./20B2128957_HuKaiMing_DX0503.extract.reconcile.1.pe_1.fq \ --read2-in=./V300056107_L01_1069_2.fq.gz \ ...
vcf文件的index
u014210048的专栏
02-19 3481
GATK在处理vcf文件的时候，需要vcf文件有index文件。要么是*.vcf.idx， 要么是.vcf.gz.tbi. 假如一个vcf文件名为 “a.vcf”; . 1. 可以用“a.vcf”生成 “a.vcf.idx”,方法如下： igvtools index a.vcf #其实很多软件都可以做到 2. 可以用生成“a.vcf.gz.tbi”,方法如下： bgzip -c a.vcf >a.vcf.gz #这里必须先用bgzip压缩 tabix -...
samtools index的一个坑
u014210048的专栏
10-26 2744
今天被自己坑了一把。 samtools index a.bam b.bam 上面这样写，b.bam将是a.bam的bai文件。 如果写作 samtools index a.bam 则会生成一个a.bam.bai文件，这个a.bam.bai文件的md5值会与b.bam一模一样
R语言data.frame的用重名调用
u014210048的专栏
08-04 1255
R语言data.frame的用重名调用
在perl程序运行前修改@INC
u014210048的专栏
07-22 1074
如果要设定一个模块的搜索路径，又不想在“~/.bashrc”中去永久性的添加一行 “PERL5LIB”。那可以在脚本中直接修改@INC； #!/usr/bin/perl -w use strict; use File::Basename; use Cwd; use lib '/mnt/lustre/user/wubin/01.Program/Scripts/01.script/GeneLab'; use Common; my $common = bless {}, 'Common'; =pod 这.
perl Spreadsheet::ParseXLSX包里面的识别合并单元格
u014210048的专栏
07-20 947
my $parser_batch = &getparser($file_batch); my $workbook_batch = $parser_batch->parse($file_batch); my $h2p = Lingua::Han::PinYin->new(capitalize => 1); if ( !defined $workbook_batch ) { die $parser_batch->error(), ".\n"; } #这是X...
GO条形图
u014210048的专栏
02-09 913
library(ggsci) library(ggplot2) #======================================================================== dat = read.table('rna-protein.GO_for_graph2.xls',head=T,sep='\t') GO_term_order=factor(as.integer(rownames(dat)),labels=dat$Description) #这一步是排序，非常重要.
perl里面的%ENV
u014210048的专栏
06-03 884
建立一个a.pl #!/usr/bin/perl -w use strict; my $a = 'China'; $ENV{'country'} = $a; exec("perl b.pl"); #system("perl b.pl"); print "KKKKKK\n"; 建立一个b.pl
transvar使用汇总
u014210048的专栏
11-05 770
输入格式 #chr11:51515698_51515699dupTG #chr11:51515699_51515700insTG #chr14:75498786_75498787insT #chr14:75498786delT #NM_014381.2:c.3742dupA #NM_014381.2:c.3742delA #NM_014381.2:c.3740A>C #用基因组坐标而不用c.XXX作为输入信息的原因 #transvar不接受c.3742dupA之类含有dup的输入...
[报错]Makeconfig:43: *** missing separator. Stop.
u014210048的专栏
01-14 758
编译技巧
perl hash中嵌套数组的一些操作
u014210048的专栏
07-30 697
#!/usr/bin/perl -w use strict; #以下这三个可以挨个试试 #my %Sample = ('China'=>[14,960]); #my %Sample = ('China'=>[]); my %Sample = (); #my %data = ('google'=>'google.com', 'runoob'=>'runoob.com', 'taobao'=>'taobao.com'); foreach my $i(@{$Sample{'Ch.
C++ 根据已知数组推测下一个数值
最新发布
09-11
接着，它找出序列的第一项和公差，然后根据这两个值推测下一个数。 如果你的数组遵循其他规则（如等比数列、周期模式等），则需要相应地修改推断规则。如果你能提供具体的序列模式，我可以给出更精确的解决方案。
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