GO条形图

library(ggsci)
library(ggplot2)
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dat = read.table('rna-protein.GO_for_graph2.xls',head=T,sep='\t')
GO_term_order=factor(as.integer(rownames(dat)),labels=dat$Description) #这一步是排序，非常重要,可以试试不排序的效果
p = ggplot(data=dat, aes(x=GO_term_order, y=Count, fill=subgroup)) #框架
p = p + geom_bar(stat='identity',width=0.8) #画条形图
p = p + scale_fill_manual(values=c("red","green","blue")) #设置条形图颜色
p = p + theme_bw() #默认背景
p = p + ylab("Number of Genes") + xlab('') #Y轴标签,X轴不要标签
p = p + theme(panel.grid.major =element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) #去除网格
#p = p + coord_flip() #x轴和y轴的位置对调
p = p + theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle=45,hjust=1,size=8)) #字体，颜色，角度，位置等
p = p + theme(legend.title=element_text(size=0)) #图例不要title
p

 

 

注： 关键的排序代码借鉴自肖斌的公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/jOtbz6UP_ww-R8Bp7ubK0Q，在这里表示感谢。

 

library(ggplot2)
library(ggsci)
GO <- read.csv("data.txt",sep="\t",header=T)
GO_term_order=factor(as.integer(rownames(GO)),labels=GO$GO_Term)
p = ggplot(data=GO, aes(x=GO_term_order,y=Count, fill=GO_category)) #框架，数据映射
p = p + geom_bar(stat="identity") #画条形图
p  = p + facet_grid(.~ GO_category, drop=TRUE,scale="free",space="free_x") #这上方添加条目信息，可以自己试试
p = p + xlab("GO term") + ylab("Num of Genes")  #坐标轴标签
p = p + theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle=60,hjust=1,size=8)) #X轴字体等设置
p