MedSAM in 3D Slicer: 分割一切医学图像

MedSAM-Lite 3D Slicer简介

这是 MedSAM 的官方 3D Slicer 插件存储库，可用于在医学图像中分割任何物体。

什么是MedSAM:点击查看这篇文章
SCI 1区论文：Segment anything in medical images

查看分割演示👇
添加视频
文中涉及到的视频前往VX查看

安装

您可以在此处观看安装步骤的视频教程（中英文）：
【添加安装视频】

安装步骤

1. 从其官方网站安装3D Slicer 网站链接。我们的插件兼容性已经通过 3D Slicer >= 5.4.0 进行了测试。
2. 从 MedSAMSlicer 发行页 下载特定版本的插件并提取到所需位置。
3. 在 Slicer 应用程序中，选择顶部工具栏中的Welcome to Slicer下拉菜单，然后转到Developer Tools > Extension Wizard。
4. 单击 select Extension，然后在第2步中提取的文件和目录中找到“MedSAM”文件夹。如果要求添加新模块，请接受。
5. 现在，在Welcome to Slicer下拉菜单下，Segmentation 子菜单下，会添加“MedSAMLite”选项。通过选择它，您可以进入最后的步骤。
6. Choose a folder以安装模块依赖项，然后单击“安装依赖项”。这可能需要几分钟时间。
7. 重新启动 3D Slicer。

升级

**如果您安装的版本低于 v0.02：**请从第2步和第6步中删除所有现有文件，然后按照之前的说明安装新版本。

**如果您安装的版本高于 v0.02：**在模块界面顶部使用“升级模块”按钮检查并安装新的更新。

使用方法

1. 在 Welcome to Slicer 下拉菜单中的 Segmentation 子菜单中，增加了 MedSAMLite 选项。选择该选项，即可进入最终步骤。
2. 加载您的图像文件。
3. 在 Prepare Data 折叠菜单中，您可以选择预设的预处理方法（可选，但极其有用）。
4. 在 Select the Region of Interest 折叠菜单中，您可以单击 Attach ROI 来选择进行分割的区域。
5. 在 Start Segmentation 折叠菜单中，单击 Send Image 按钮。它将把整个三维图像发送到模块的后端进行处理。这将需要几分钟时间。每个图像只需要进行一次此步骤。只要图像没有更改（新的预处理/裁剪/等），您就不需要重新进行此步骤。
   Windows 用户请注意。在此步骤中，防火墙可能会停止后端并要求权限。授予权限。在某些情况下，您可能需要重新启动计算机以更新权限。
6. 单击 Segmentation 按钮以获取分割结果。您可以多次替换您的 ROI，或删除并重新附加它（步骤 4），而无需重新执行步骤 5 就可以重复执行步骤 6。
7. 在同一部分中，从 Segmentation 和 Source volume 下拉菜单中选择正确的分割组，并手动调整分割结果。您还可以为每个分割掩模分配不同的颜色。

总结

到这里各位学会了吗😜这可能是目前唯一一个教程Tina姐没有实践就发出来的（在老家无法连接服务器）。没关系，我们提供了文字+视频版教程，相信聪明的你一定可以！

文章持续更新，可以关注微公【医学图像人工智能实战营】获取最新动态，一个关注于医学图像处理领域前沿科技的公众号。坚持以实践为主，手把手带你做项目，打比赛，写论文。凡原创文章皆提供理论讲解，实验代码，实验数据。只有实践才能成长的更快，关注我们，一起学习进步~

我是Tina, 我们下篇博客见~

白天工作晚上写文，呕心沥血

觉得写的不错的话最后，求点赞，评论，收藏。或者一键三连