fsleyes -- 一款多功能影像数据查看器

最新推荐文章于 2024-06-25 16:57:44 发布

Tina姐

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分类专栏： FSL 宝典文章标签：图像处理

本文链接：https://blog.csdn.net/u014264373/article/details/121264648

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FSLeyes 是 3D 和 4D 数据的查看器，可以接受多种类型数据的展示。

接收类型如下：

NIFTI image files (.nii, .nii.gz).
MGH image files (.mgh, .mgz).
GIFTI surface files (.surf.gii, .gii).
Freesurfer surface files (lh.orig, lh.pial, lh.white, etc).
FEAT analysis directories (.feat).
MELODIC analysis directories (.melodic).
dtifit output directories.
VTK legacy files (.vtk) which are in a format similar to that produced by the FIRST sub-cortical segmentation tool.
2D image files (e.g. .png, .bmp, .jpg, etc).

本文目录

在上一节中，我们安装好 FSL 后，FSLeyes 就已经安装好了。通过在终端键入 fsleyes就可以启动。

$: fsleyes

当您第一次启动 FSLeyes 时，您将看到如下所示的内容：

这里没有加载任何图像，所以是一个空面板。

加载图像的方式很多，这里介绍三种加载方式。

我们要加载某一个图像查看，可以在打开 fsleyes 的时候直接加载，如：

$: fsleyes *.nii.gz
# 这里的 * 指的是图像路径

在软件最上方有一排菜单栏，通过 File菜单添加。按需要，可以选择加载单个图像，还是文件夹。

通过 overlay 面板可以实现图像的新增和删除。便于更好的管理图层（类似于 ps 的图层，我习惯这么理解）。

如果你已经加载好图像，我们接下来分析一下界面的功能。

overlay toolbar: 字面意思是叠加工具箱。实际上就是控制图层之间的显示，比如透明度，对比度，亮度，窗宽窗位等。
ortho toolbar: 控制中间正交视图（ortho view）的显示, 比如三个面的排列方式，也可以选择单独显示某个方位。
overlay list: 叠加列表，控制图像的图层顺序，可以进行上下移动图层，显示和不显示某图层，加载和删除某图层。
location panel: 位置面板，显示当前的坐标信息和正交体素的像素值。

注意：这里有两个坐标系。显示的都是图中绿色定位线交点的坐标值。第一个坐标是内部的一个坐标系，目前没啥用。第二个坐标比较常用，显示当前所在层的 xyz 三个坐标。下面的Volume在加载 4D 图像的时候有用，表示加载的第几个 3D 体积。

如图，我加载的是一个 4D 的脑数据，包含T1,T2,Flair 和 T2增强(假设是这些，不准确)。大小=4x240x240x155, 设置volume=1，加载的就是 1x240x240x155.

如果对每个功能的意思不是很了解，把鼠标放在上面，会有解释。

以上就是一个非常简单的入门介绍，接下来介绍一些更高阶的应用。

在菜单栏 View 里面，提供了多种视图供选择。

ortho view: 正交视图，我们前面使用的都是正交视图
lightbox view: 灯箱视图，这个功能非常喜欢，他可以选择按轴位，冠状位还是矢状位显示所有的层。

这里，可以非常清晰的看到哪些层面有肿瘤，可以通过调整层间距控制显示的层数。
Histogram: 直方图，点击就可以直接画出图像的直方图
3D view: 3D 视图，可以进行 3D 表面重建，可用于显示器官的形态等。

这里显示了一个脑肿瘤的形态，可以旋转查看。