利用GISTIC2.0整合队列CNV拷贝数变异分析结果

今天我们学习一个拷贝数变异的整合软件——GISTIC2。注意，这和软件本身并不做CNV calling，而是主要用于检测一组样品中显着扩增或缺失的基因组区域（明白一点说就是你需要提供一批样本中的每个样本的CNV检测结果，这个软件经过呼啦呼啦显著性计算会告诉你这一批样本中显著扩增和缺失的是哪些区域）。这个是癌症基因组CNV分析中十分常见也十分必要的内容。

 

1.软件安装

注意：

a.软件包没有打包在一个文件夹下，所以第2步新建了一个GISTIC2文件夹，请在该文件夹下解压源文件；

b.第5、6步安装Matlab环境的时候，-destinationFolder后面接的是绝对路径，请将“PATH”替换为GISTIC2文件夹所在的绝对路径。

c.下面步骤编译好后/PATH/GISTIC2/gistic2即为可执行文件。

wget -c ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTIC_2_0_23.tar.gz
mkdir GISTIC2 && mv GISTIC_2_0_23.tar.gz GISTIC2/ && cd GISTIC2/
tar -xzvf GISTIC_2_0_23.tar.gz
cd MCR_Installer/ && unzip MCRInstaller.zip
./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder /PATH/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/
export XAPPLRESDIR=/PATH/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/v83/X11/app-defaults:$XAPPLRESDIR

 

2.输入文件准备</