算例03-震动频率全套

乙醇结构优化

POSCAR准备

bigbro推荐了一个网址还可以 http://www.chemspider.com/Default.aspx
其中可以搜索到.mol文件（操作的时候复制的时候不好复制是可能会用到Alt + shift）
这里首先一个先学一下如何书写POSCAR

首先写出头头

Ethanol
1.0
20.0 0.0 0.0
0.0 20.0 0.0
0.0 0.0 20.0
O C H
1 2 6
Cartesian #以上头部信息 下面是结构信息
  1.4330   -0.5348    0.0000
  0.0078   -0.5407    0.0000
 -0.5147    0.9054   -0.0000
 -0.3506   -1.0670    0.8867
 -0.3506   -1.0670   -0.8867
 -1.6061    0.9135   -0.0000
 -0.1616    1.4335   -0.8875
 -0.1616    1.4335    0.8875
  1.7044   -1.4764   -0.0000

此处应该再写一个移动原子的脚本（。。。。。 ）以后再写

INCAR准备

这里写简易的INCAR有些参数直接就是默认，直接抄bigbro

SYSTEM = ethanol
START=1

#ISPIN=2 乙醇是闭壳层分子 不用



IBRION=2
NSW=100

EDIFFG=-0.05


ISMEAR=0  #气象分子用0
SIGMA=0.01  #气象分子用0.01

POTCAR准备~简单

cat ~/pbe/O/POTCAR ~/pbe/C/POTCAR ~/pbe/H/POTCAR > POTCAR

KPOINTS也简单

KPOINTS
0
G
1 1 1
0 0 0

频率计算

INCAR修改

SYSTEM = ethanol
#频率计算
IBRION=5
NSW=1
NFREE=2
EDIFF=1E-6

EDIFFG=-0.05
ISMEAR=0  #气象分子用0
SIGMA=0.01  #气象分子用0.01

计算完后检查OSZICAR 于OUTCAR
OSZICAR 最底部可以看到一共55步

这里的55的由来： 一共9个原子9x3=27然后+POTIM与-POTIM两个方向一共9x3x2=54个 然后多一个频率计算前的单点计算

固定原子

用linux的方法固定原子

1. :set nu 显示行数
2. 第八行的位置插入Selected
3. :10,18s/$/ T T T/g (解释一下这个命令10,18表示选取行的范围，s表示替换，T T T表示要替换的内容 g表示全部替换的意思)
4. :11,17s/T/F/g 固定除了OH以外的所有东西

jmol就是显示出OUTCAR中每一条的震动信息

数据分析：OUTCAR频率信息的提取

grep cm-1 OUTCAR

可以看出9x3=27种震动模式
对于虚频来说100cm-1以下的都可以忽略
因此我们的结构是稳定的

零点能的计算

grep ‘f =’ OUTCAR | awk ‘{print $10}’ | paste -sd+ |bc
解析语言 grep ‘f =’ OUTCAR’ (注意中间是两个空格）可以检索出所有实频率， 然后用awk 把第十行的能量值打印出来，
paste是黏贴合并语言-s表示按照行合并， d+表示用+号隔开 然后bc属于计算器把前面的东西合并运算

我的计算结果与bigbro的基本一样0.5%的差距可以忽略
脚本书写

这里的scale是定义精确度，然后2000是因为 2来自于零点能得1/2 hv， 1000是因为起始单位是mev 而最后能量是ev

成功得出频率得零点能结果