算例04-Jmol可视化软件的应用

已于 2023-08-10 18:10:35 修改
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于 2023-07-26 15:31:48 首次发布
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文章介绍了如何下载Java运行环境以安装Jmol。对于Linux用户，尽管遇到了图形化界面的问题，但作者建议尽量使用Linux命令行方法。Jmol的主要用途是解析并展示OUTCAR文件中的频率震动数据。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1.下载Java运行环境

这个直接淘宝下载的

Jmol下载安装

windows与linux两个下载方法 尽量使用linux方法
linux上的jmol完全失败
总结就是 图形话的东西尽量不要王linux上用
jmol的思路非常简单就是把频率震动的OUTCAR放到Jmol窗口里面然后选择
在这里插入图片描述
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jmol软件完整版，是一款进行物理化学模拟和计算的常用软件，非常实用！！！！
jmol使用笔记
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11-07 2124
Windows下安装：下载安装文件压缩包，解压。jmol的运行需要系统安装了java运行环境（JRE）。在此条件下，win用jmol.bat，linux用jmol.sh, mac用jmol.mac。shell中运行可以直接在jmol.sh后加结构文件名，win环境中可直接将结构文件往jmol界面拖即可加载该结构文件。其中，0.02是轨道等值面的数值。30是轨道序数，也可以用homo和lumo关键词。translucent是半透明选项。介绍：rcsb数据库上也是直接应用的jmol。
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04-28
JSmol是基于Java的分子可视化小程序Jmol（jmol.sourceforge.net）的扩展，它是仅HTML5 JavaScript的Web应用程序。 当平台不支持Java小程序（iPhone / iPad）或不支持小程序（Android）时，可以将其与Java小程序结合使用以提供Java的替代方案。 JSmol与Jmol JavaScript对象（http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Javascript_Object）结合使用，可以在这些非Applet平台上无缝提供Java的替代方案。 JSmol可以读取Jmol读取的所有文件。 您可以完成Jmol所做的所有脚本编写。 您可以创建所有按钮和链接，以便习惯于为Jmol创建。 Jmol applet的所有渲染功能都已存在。 JSmol同时具有控制台和弹出菜单。 JSmol已与JSME和JSpecView完全集成。 JSmol的“精简版”为带宽极小的应用程序提供了最小的功能（仅限于球和棒）。 2013年1月12日发行
Jmol 脚本对象/函数
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jsmol
linux配置环境变量
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1、将免安装的JDK拷贝到linux目录下 /usr/local/jdk1.8.0_144 2、更改环境变量 vim /etc/profile 加入如下代码： `` export JAVA_HOME=/usr/local/jdk1.8.0_144 export PATH=.:JAVAHOME/bin:JAVA_HOME/bin:JAVAH​OME/bin:PATH export CLASSPATH=.:JAVAHOME/lib/dt.jar:JAVA_HOME/lib/dt.jar:JAVAH​OME/li
Jmol:三维化学结构的交互式查看器。-开源
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超过 10,000,000 次页面浏览！ Jmol/JSmol 是一个用于 3D 化学结构的分子查看器，它以四种独立模式运行：使用 jQuery 的纯 HTML5 网络应用程序、Java 小程序、独立的 Java 程序 (Jmol.jar) 和“无头”服务器 -侧组件（JmolData.jar）。 Jmol 可以读取多种文件类型，包括 PDB、CIF、SDF、MOL、PyMOL PSE 文件和 Spartan 文件，以及 Gaussian、GAMESS、MOPAC、VASP、CRYSTAL、CASTEP、QuantumEspresso、VMD 和许多其他量子化学的输出程式。 文件可以直接从多个数据库传输，包括 RCSB、EDS、NCI、PubChem 和 MaterialsProject。 可以加载和比较多个文件。 丰富的脚本语言和完善的 Web API 允许轻松定制用户界面。 功能包括交互式动画和线性变形。 Jmol 与用于光谱的 JSpecView、用于 2D->3D 转换的 JSME、用于图像的 POV-Ray 以及用于 3D 打印（VRML 导出）的 CAD 程序很好地接口。
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