jmol使用笔记

命令行：

1. 用如下命令来可视化分子轨道：
       isosurface cutoff 0.02 mo 30 translucent
   其中，0.02是轨道等值面的数值。30是轨道序数，也可以用homo和lumo关键词。translucent是半透明选项。

把四轨道同时画在一个图上：

isosurface homo color yellow purple cutoff 0.02 mo 8 on

isosurface lumo color yellow purple cutoff 0.02 mo 9 on mesh nofill

isosurface hom color yellow puple cutoff 0.02 mo 8 on

isosurface lum color yellow purple cutoff 0.02 mo 11 on mesh nofill

Windows下安装：下载安装文件压缩包，解压。jmol的运行需要系统安装了java运行环境（JRE）。在此条件下，win用jmol.bat，linux用jmol.sh, mac用jmol.mac。 shell中运行可以直接在jmol.sh后加结构文件名，win环境中可直接将结构文件往jmol界面拖即可加载该结构文件。

参考网址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_650463380102wx0m.html

介绍：rcsb数据库上也是直接应用的jmol