3D Slicer
文章平均质量分 92
walt3433
这个作者很懒,什么都没留下…
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3D Slicer:从入门到精通——数据模块之DICOM
该模块允许导入、导出和网络传输DICOM数据。Slicer支持DICOM功能的常用子集,其特定功能由临床研究的需求驱动:从磁盘读取和写入数据集,并通过DIMSE和DICOMweb网络协议进行网络传输——查询检索发送和接收数据集。医学数字成像和通信(DICOM)是信息交换数字放射学的广泛使用标准。在大多数情况下,医院使用的成像设备(CT和MR扫描仪)将生成保存为DICOM对象的图像。DICOM按以下层次结构组织数据患者… 可以有1个或多个研究(单次成像检查) … 可以有1个或多个系列。原创 2024-05-27 10:54:10 · 1846 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通——数据模块
数据模块显示加载到场景中的所有数据集,并允许修改基本属性以及对各种数据执行常见操作,而无需切换到其他模块。主题层次标签显示在自由可编辑的文件夹结构中选择的节点。变换层次标签显示按应用变换组织的数据。所有节点标签以简单列表显示所有节点。此功能针对高级用户和故障排除。在主题层次中,DICOM数据会自动添加为患者-研究-系列的层次结构。如果从本地目录结构加载,非DICOM数据可以解析,或通过创建类似DICOM的层次结构或文件夹手动组织。原创 2024-05-21 15:31:09 · 1537 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(七)——图像配准
配准的目标是对齐图像、模型和其他对象在3D空间中的位置和方向。3D Slicer提供了许多配准工具,本页仅列出最常用的工具。原创 2024-05-17 10:00:00 · 1710 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(六)——图像分割
在源表示设置为二进制标签图的分割中,每个层暂时允许具有不同的几何形状(原点、间距、轴方向、范围) - 以允许在分割之间移动段而不会产生不必要的质量损失(每次对二进制标签图进行重采样都会导致轻微变化)。一个区域可以用不同的方式表示,例如作为二进制标签图(每个体素的值指定该体素是在区域内还是区域外)或闭合表面(表面网格定义区域的边界)。源表示是唯一可编辑的表示,它是保存到文件时唯一存储的表示,所有其他表示都是从它自动计算的。每个层在内部存储为一个单独的3D体积,一个体积可以在许多不重叠的段之间共享以节省内存。原创 2024-05-16 09:46:27 · 1971 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(五)——数据的加载和保存
DICOM和医学成像软件使用LPS(左侧、后侧、上侧)坐标系统,而Slicer的内部表示使用RAS(右侧、前侧、上侧)。读取器可能支持各种类型的2D、3D和4D图像,如标量、向量、DWI或DTI,包含图像、剂量图、位移场等。整个工作空间,包括所有数据和设置,可以通过点击左上角的小包装图标保存到一个单独的、独立的、自包含的。:用于存储点列表的旧文件格式。所有文件的新副本将被写入并压缩到一个文件中,因此保存时间比仅修改文件的增量保存要长。用于导出的设置(文件格式、文件名、选项)不会修改用于保存的设置。原创 2024-02-28 14:27:59 · 2847 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(四)——坐标系统
在处理医学图像和应用时,一个问题是坐标系统之间的差异。在成像应用中通常使用三种坐标系统:可以区分世界、解剖和图像坐标系统。每个坐标系统都有其特定的用途,并以特定的方式表示数据。本文会详细介绍slicer中的坐标系统。原创 2024-02-27 16:20:18 · 1892 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(三)——用户界面概览
Slicer将所有加载的数据存储在一个称为“场景”的数据仓库中(或称为Slicer场景或MRML场景)。场景中的每个数据集,如图像体积、表面模型或点集,都以“节点”的形式表示。Slicer提供了大量的“模块”,每个模块实现了一组特定的功能,用于在场景中创建或操作数据。模块通常不直接相互作用:它们只是操作场景中的数据节点。Slicer包含超过100个内置模块,可以通过使用扩展管理器安装额外的模块。原创 2024-02-26 16:32:51 · 2997 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(二)——入门指南
本篇文章包含开始使用3D Slicer所需的信息,包括如何安装和快速开始使用基本功能,以及在哪里找到更多信息。原创 2024-02-24 23:19:20 · 9880 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer:从入门到精通(一)——3D Slicer是什么
最近做三维重构方面的研发,发现国内没有系统讲解3D Slicer软件的文章和书籍。3D Slicer是个人非常喜欢的一款强大的开源软件,用于医学图像处理、可视化、以及进行计算机辅助手术的研究和临床前应用。这个软件平台支持多模态成像,如CT、MRI和PET,以及生物医学研究。它能够进行图像分割、三维重建、导航和数据分析等功能。下面我会开一个系列,从头到尾较为系统的讲解一下该软件,主要从用户和开发者两方面来讲解。提示:以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考。原创 2024-02-22 15:38:09 · 2672 阅读 · 1 评论