3D Slicer：从入门到精通——数据模块

---

数据

概述

数据模块显示加载到场景中的所有数据集，并允许修改基本属性以及对各种数据执行常见操作，而无需切换到其他模块。

• 主题层次标签显示在自由可编辑的文件夹结构中选择的节点。
• 变换层次标签显示按应用变换组织的数据。
• 所有节点标签以简单列表显示所有节点。此功能针对高级用户和故障排除。

在主题层次中，DICOM数据会自动添加为患者-研究-系列的层次结构。如果从本地目录结构加载，非DICOM数据可以解析，或通过创建类似DICOM的层次结构或文件夹手动组织。

主题层次为基础数据节点提供功能，包括克隆、批量变换、批量显示/隐藏、类型特定功能以及基本节点操作，如删除或重命名。额外插件提供其他类型特定功能和常规操作，详见主题层次实验页面。

• 主题层次视图
  • 在同一位置概览所有加载的数据对象，类型由图标指示
  • 在文件夹或患者/主题树中组织数据
  • 可视化并批量处理从磁盘加载的大量数据节点
  • 轻松显示/隐藏可显示数据的分支
  • 变换整个研究（任何分支）
  • 导出DICOM数据（编辑DICOM标签）
  • 插件提供大量类型特定功能
• 变换层次视图
  • 管理变换链/层次
• 所有节点视图
  • 用于调试问题的开发者工具

如何操作

从头开始创建新的主题

右键单击空白区域并选择“创建新主题”

创建新文件夹

右键单击现有项目或空白区域并选择“创建新文件夹”。文件夹类型的层次项目可以使用上下文菜单转换为主题或研究

重命名项目

右键单击节点并选择“重命名”，或双击节点名称

在节点或分支上应用变换

双击变换列中的节点或分支的单元格（与变换模块相同的图标），然后设置所需的变换。如果列不可见，请选中树下的“变换”复选框。可以在顶部截图中的Patient 2看到示例

面板及其使用

主题层次标签

以树形表示包含主题层次中的所有对象。

文件夹结构：

• 节点可以在其他节点下拖放，从而重新排列树
• 可以通过右键单击顶部的场景项目添加新文件夹或主题
• 从DICOM加载的数据会自动添加到患者、研究、系列的树中
• 非DICOM数据也会自动出现在主题层次中。有多种方法可以在层次结构中组织它们：
  • 使用场景上下文菜单中的从加载的目录结构创建层次操作（右键单击空白区域，参见下图截图）。这将根据它们加载时的本地文件结构组织节点。
  • 手动拖放到层次节点下
  • 从旧场景中导入的旧模型和注释层次结构作为主题层次导入

操作（通过右键单击节点的上下文菜单访问）：

• 所有节点通用：
  • 显示/隐藏节点或分支：点击眼睛图标
  • 删除：删除数据节点和SH节点
  • 重命名：重命名数据节点和SH节点
  • 克隆：创建所选节点的副本，其名称将包含_Copy后缀
  • 编辑属性：如果节点的角色已指定（即其图标不是问号），则相应模块将打开并选择该节点（例如，体积模块用于体积）
  • 创建子节点…：创建具有指定类型的节点
  • 变换节点或分支：双击应用的变换列中的节点或分支单元格，然后设置所需的变换。如果列不可见，请选中树下的“变换”复选框。可以在顶部截图中的“Day 2”研究中看到示例
• 特定节点类型的操作：
  • 体积：图标，编辑属性和工具提示中的附加信息
    • **‘注册此…’**操作选择固定图像以进行配准。右键单击移动图像以启动配准
    • **‘分割此…’**操作允许在分割编辑器模块中分割体积
    • **‘切换标签图显示轮廓’**用于标签图
  • 模型：图标，编辑属性和工具提示中的附加信息
  • 场景视图：图标，编辑属性和恢复场景视图
  • 变换：图标，附加工具提示信息，编辑属性，反转，重置为身份

突出显示：选择项目时，相关项目将突出显示。颜色含义：

• 绿色：通过DICOM或节点引用直接引用当前项目的项目
• 黄色：当前项目通过DICOM或节点引用直接引用的项目
• 浅黄色：当前项目通过节点引用递归引用的项目

主题层次项信息部分：显示所选主题层次项的详细信息。

变换层次标签

• 节点：视图列出场景中所有可变换节点作为层次树，描述节点之间的关系。节点是图形对象，如体积或模型，控制不同视图（2D、3D）的显示。要重命名项目，请双击列表中任何项目（但场景除外）左键。右键单击弹出包含不同操作的菜单：“插入变换”创建身份线性变换节点并应用于所选节点。“编辑属性”打开节点的模块（例如，体积节点的“体积”，“模型节点的“模型”等）。“重命名”打开对话框以重命名节点。“删除”将节点从场景中移除。视图中支持内部拖放，同时在相同父节点中移动节点位置没有效果，更改节点的父节点在当前场景模型中具有不同含义。
• 显示MRML ID：在树视图中显示/隐藏包含节点ID的第二列。默认隐藏
• 显示隐藏节点：显示/隐藏隐藏节点。默认情况下，仅显示主要节点

所有节点标签

列出场景中的所有节点。支持编辑属性、重命名、删除。

所有标签的通用部分

• 过滤器：隐藏所有不匹配输入字符串的节点。这可以快速搜索特定节点。请注意，搜索区分大小写
• MRML节点信息：当前选定节点的属性列表。属性可以编辑（双击“属性值”单元格），添加（使用“添加”按钮）或删除（使用“删除”按钮）。

教程

• 2016: 本教程演示了使用两个时间点放射治疗幻影数据集的Slicer数据管理模块主题层次的基本用法和潜力。
• 2015: 关于加载和查看数据的教程。

开发者信息

• 在脚本仓库中可以找到访问和操作主题层次项的代码片段。
• 实现新插件：插件是主题层次的真正力量，因为它们为数据节点类型提供支持，并为上下文菜单项添加功能。
  要创建C++插件，实现qSlicerSubjectHierarchyAbstractPlugin的子类，对于Python插件，见下文。许多示例可以在Slicer核心和SlicerRT扩展中找到，查找名为SubjectHierarchyPlugins的文件夹。
  • 用Python编写插件：
    • AbstractScriptedSubjectHierarchyPlugin的子类，它是C++ qSlicerSubjectHierarchyScriptedPlugin类的Python适配器
    • 示例：角色插件在SlicerHeart扩展中，功能插件在分割编辑器模块中
  • 角色插件：为新数据节点类型添加支持
    • 定义：所有权、图标、工具提示、编辑属性、帮助文本（在黄色问号弹出窗口中）、可见性图标、设置/获取显示可见性、显示的节点名称（如果与节点对象的名称不同）
    • Slicer核心中的现有插件：标记、模型、场景视图、图表、文件夹、表格、变换、标签图、体积
  • 功能插件：为某些类型的节点在右键上下文菜单中添加功能
    • 定义：节点和场景的上下文菜单操作列表，操作显示的节点类型，处理定义操作的功能
    • Slicer核心中的现有插件：CloneNode、ParseLocalData、Register、Segment、DICOM、Volumes、Markups、Models、Annotations、Segmentations、Segments等

参考

• 关于主题层次实验页面的更多信息
• 分割的手动编辑可以在分割编辑器模块中完成