3D Slicer：从入门到精通（七）——图像配准

配准

---

---

配准的目标是对齐图像、模型和其他对象在3D空间中的位置和方向。3D Slicer提供了许多配准工具，本页仅列出最常用的工具。

手动配准

任何数据节点（图像、模型、标记等）都可以放置在一个变换下，并且可以在Transforms模块中（使用滑块）或在3D视图中交互式地调整变换。

这种方法的优点是简单，适用于任何数据类型，并且可以非常快速地达到近似对齐。然而，使用这种方法实现精确配准是繁琐且耗时的，因为需要许多微调步骤，并在每次调整后在多个方向进行视觉检查。

半自动配准

配准可以根据在两个对象上指定的对应标记点对自动计算。通常6-8个点就足以进行稳健和精确的刚性配准。

推荐模块：

• Landmark registration：用于配准稍有错位的图像。支持刚性和变形配准，具有自动局部标记点优化、实时预览和图像比较。
• Fiducial registration wizard（在SlicerIGT扩展中）：用于配准任何数据节点（甚至混合数据，例如图像与模型的配准），以及完全未对齐的图像。支持刚性和变形配准，自动点匹配，从跟踪指针设备自动收集点。参见U-12 SlicerIGT教程以快速了解主要功能。

自动图像配准

灰度图像可以使用基于强度的配准方法自动对齐。如果图像未出现在输入图像选择器中，则很可能是彩色图像，可以使用Vector to scalar volume模块转换为灰度图像。

基于强度的图像配准方法需要合理的初始对齐，通常少于几厘米的平移和少于10-20度的旋转误差。一些配准方法可以执行初始位置对齐（例如，使用重心）和方向对齐（例如，匹配矩）。如果自动对齐不稳健，则可以使用手动或半自动配准方法作为第一步。

强烈建议裁剪输入图像以覆盖大致相同的解剖区域。这可以使配准更快且更稳健。可以使用Crop volume模块裁剪图像。

推荐模块：

• General registration (Elastix)（在SlicerElastix扩展中）：其默认配准预设无需调整任何参数即可工作。
• General Registration (ANTs)（在SlicerANTS扩展中）：与Elastix类似，默认参数集应适用于大多数图像配准任务。该模块还公开了许多配准参数供用户调整。
• General registration (BRAINS)：推荐用于脑部MRI，但通过参数调整可适用于其他成像模态和解剖区域。
• Sequence registration：使用Elastix进行自动4D图像（3D图像时间序列）配准。可用于跟踪结构在时间上的位置和形状变化，或进行运动补偿（将所有时间点配准到选定时间点）。

分割和二进制图像配准

分割和二进制图像的配准与灰度图像非常不同，因为只有边界可以指导对齐过程。因此，通用图像配准方法不适用于二进制图像。

推荐模块：

• Segment registration（在SegmentRegistration扩展中）：完全自动配准选定的段对。支持刚性、仿射和变形配准。可以先转换为分割节点来配准二进制图像。

模型配准

在包含表面网格的模型配准过程中，只有边界可以指导对齐过程。

上述手动和半自动配准方法适用于模型配准。以下模块推荐用于自动配准：

• Segment registration（在SegmentRegistration扩展中）：可以在将模型导入到分割节点后使用。详情见上面的部分。
• Model registration（在SlicerIGT扩展中）：使用迭代最近点方法。此方法倾向于陷入局部最优解，因此从良好的初始位置开始非常重要（例如，使用手动或半自动配准计算）。
• SlicerMorph扩展中的ALPACA自动表面配准方法：比基于迭代最近点的方法更稳健（可以从较远的初始配准误差收敛，更有可能找到全局最优解）。

更多信息

多年来，关于图像配准的信息收集了大量内容，虽然并非完全更新，但仍提供了有用的见解。

• 配准库：示例案例列表，包含数据集和实现相同结果的步骤。
• 配准常见问题：与配准和重采样相关的常见问题解答
• 之前的配准主页：虽然未完全更新，但仍提供了关于配准的有用信息

---