3D Slicer：从入门到精通（三）——用户界面概览

3D Slicer：从入门到精通（三）——用户界面概览

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应用程序概览

Slicer将所有加载的数据存储在一个称为“场景”的数据仓库中（或称为Slicer场景或MRML场景）。场景中的每个数据集，如图像体积、表面模型或点集，都以“节点”的形式表示。

Slicer提供了大量的“模块”，每个模块实现了一组特定的功能，用于在场景中创建或操作数据。模块通常不直接相互作用：它们只是操作场景中的数据节点。Slicer包含超过100个内置模块，可以通过使用扩展管理器安装额外的模块。

模块面板

该面板（默认位于应用程序主窗口的左侧）显示当前模块提供给用户的所有选项和功能。可以使用模块选择工具栏选择当前模块。

数据探针

数据探针位于模块面板的底部。它显示了鼠标指针所在位置的视图内容信息：

• 切片视图信息（鼠标位于切片视图上时显示）：

  • 切片视图名称：红色、绿色、黄色等。
  • 解剖位置：三个坐标值，前缀为R/L（右/左），A/P（前/后），S/I（上/下）。原点-（0,0,0）位置-是在创建图像时由影像技术员选择的。例如，对于临床图像（R 17.6, P 35.3, S 12.1）意味着当前位置距原点右侧17.6mm，向后35.3mm，向上12.1mm。
  • 视图方向：对于标准解剖方向为轴向、矢状、冠状，对于任何其他方向为重构。
  • 切片间距：此方向上切片之间的距离。对于临床图像Sp: 2.5意味着切片之间的距离为2.5mm。

• 体绘制信息：三行，体绘制每一层一行

  • 层类型：L（标签），F（前景），B（背景）。
  • 体积名称，如果该层没有选择体积，则为None。
  • 体积体素（IJK）坐标。
  • 体素值。对于标签体积，还会显示与体素值对应的标签名称。

• 分割信息：对于在该位置可见的每个分割

  • 层类型：S（分割）
  • 分割名称。
  • 分段名称。如果在该位置显示多个分段（分段重叠），则会列出多个分段名称。

视图

Slicer以各种视图显示数据。用户可以在多种预定义布局中进行选择，这些布局可能包含切片视图、3D视图、图表和表格视图。

布局工具栏提供了许多对于各种类型的研究有用的布局下拉菜单。当Slicer正常退出时，将保存所选布局，并在下次启动应用程序时恢复。

应用程序菜单

• 文件：提供加载以前保存的场景或各种类型的单个数据集的功能，以及从互联网下载示例数据集的选项。此处还提供了保存场景和数据的选项。添加数据允许从文件加载数据。建议使用DICOM模块导入DICOM文件数据和加载导入的DICOM数据。保存打开“保存数据”窗口，提供保存所有数据或选定数据集的各种选项。
• 编辑：包含显示应用程序设置的选项，允许用户自定义Slicer的外观和行为，例如工具栏中显示的模块、应用程序字体大小、临时目录位置、包含额外Slicer模块的位置。
• 查看：用于显示/隐藏额外窗口和小部件的功能，如扩展管理器用于从Slicer应用商店安装扩展，错误日志用于检查应用程序是否遇到任何潜在错误，Python控制台用于获取Python控制台与加载的数据或模块交云，显示/隐藏工具栏，或切换视图布局。

工具栏

工具栏提供快速访问常用功能的途径。可以使用菜单：查看/工具栏部分显示/隐藏单个工具栏面板。

• 模块选择工具栏：用于选择当前活动的“模块”。工具栏提供搜索模块名称的选项（Ctrl + f或点击放大镜图标）或从菜单中选择。
• 模块历史下拉按钮：显示最近使用的模块列表。箭头按钮可用于回到/返回从先前使用的模块。

状态栏

该面板可能显示应用程序状态，如当前进行中的操作。点击小X图标会显示错误日志窗口。

查看加载的数据

Slicer中可用的数据可以在数据模块中查看，该模块可以在工具栏或模块列表中找到。更多关于模块的详细信息可以在Slicer wiki上找到。

数据模块的默认主题层次结构标签可以以树层次结构显示数据集，按照DICOM中典型的病人/研究/系列或任何其他文件夹结构排列：

主题层次结构视图包含许多内置函数，适用于所有类型的数据。这些功能可以通过在树中右键点击节点访问。每种数据类型的操作列表不同，因此探索选项很有用。

医学成像数据以各种形式和表示出现，这可能会使刚进入该领域的人感到困惑。下图简要概述了使用Slicer时遇到的最典型的数据类型，特别是在涉及分割的工作流程中。

选择显示的数据

数据模块的主题层次结构标签显示场景中的所有数据集。点击“眼睛”图标在所有视图中显示/隐藏项目。将项目拖放到视图中以在该视图中显示它。

可以使用Ctrl+左键点击或Shift+左键点击在主题层次结构树中选择多个项目，并一次性将它们拖放到选定的视图中。如果同时将两个体积拖放到一个视图中，则它们将同时显示，混合在一起。

如果一个视图仅在选定视图中显示，您可以右键点击项目并选择“在所有视图中显示”以快速在所有视图中显示。

如果为切片视图启用了视图链接，则将体积拖到任何视图中都会在该组的所有视图中显示该体积。

通过右键点击树中显示列的眼睛图标可以调整显示选项。请注意，这些选项与在树中右键点击“节点”或“变换”列时提供的选项不同。

对于体绘制，显示选项包括：

• 在显示时重置视野：如果启用，则显示体积时会调整视图以将体积显示在中心，填满视野。
• 在显示时重置视图方向：如果启用，则显示体积时会使切片视图与体积轴对齐。

与视图交互

视图焦点参考

在任何切片视图或3D视图中按住Shift键同时移动鼠标将使十字线移动到所有视图中的选定位置。默认情况下，当在任何视图中移动十字线时，所有切片视图都会滚动到鼠标索引的相同RAS位置。当检查时，此功能很有用。

要显示/隐藏十字线位置，请点击十字线图标。

要自定义十字线的行为和外观，请点击十字线图标右侧的“下箭头”按钮。

鼠标模式

Slicer有多种鼠标模式：变换（允许交互式旋转、平移和缩放操作）、窗口/层次（用于调整图像体积的亮度/对比度）和放置（允许在切片和3D视图中交互式放置对象）。

上述切换这些鼠标模式的工具栏图标分别从左到右显示。放置点列表是默认的放置选项，如上所示；从放置模式下拉菜单中也可选择放置其他节点的选项，如标尺和感兴趣区域小部件。

注意：变换模式是默认的交互模式。默认情况下，在选择放置模式图标后，放置模式会持续一个“放置”操作，然后模式切换回变换。通过选中持久复选框，可以使放置模式持久（对于放置多个控制点很有用）。

调整图像窗口/层次

医学图像通常包含数千个灰度级，但常规计算机显示器只能显示256个灰度级，人眼在可以注意到的最小对比度差异方面也有限制（更具体的信息见Kimpe 2007）。因此，医学图像以可调的亮度/对比度（窗口/层次）显示。

默认情况下，3D Slicer使用DICOM文件中指定的窗口/层次设置。如果不可用，则窗口/层次设置为包含图像的整个强度范围（除了顶部/底部的0.1%，使用百分位数计算，以免让强度分布的非常薄的尾巴过多地降低图像对比度）。

可以随时通过点击工具栏上的“调整窗口/层次”按钮然后在任何切片查看器中左键点击并拖动来手动调整窗口/层次。可以通过按住Ctrl键进行左键点击并拖动来为选定区域计算最佳窗口/层次。

体积模块的显示部分提供了窗口/层次的额外选项、预设、强度直方图、自动调整。预设也在切片视图的上下文菜单中可用。您可以使用上下文菜单或使用Ctrl + 左键双击切片视图来重置为自动计算的窗口/层次设置。

3D视图

显示场景的渲染3D视图，以及指定方向和比例的视觉参考。

默认方向轴：A = 前，P = 后，R = 右，L = 左，S = 上，I = 下。

3D视图控制：任何3D视图上的蓝色条显示左侧有一个图钉图标。当鼠标滚动到这个图标上时，会显示一个用于配置3D视图的面板。当鼠标移开时，面板会隐藏。要使此面板持久显示，只需点击图钉图标。更多选项，点击双箭头图标（显示所有选项）。

• 3D视图中心（小方块）将切片中心在当前可见的3D视图内容和所有加载的体积上（即使体积不可见）。视野（缩放因子）不调整，因此可能需要放大/缩小以查看所有对象。要同时重置中心和视野，请在3D视图中点击并按r键。
• 最大化视图/恢复视图布局临时最大化选定视图/恢复完整视图布局。
• 视点方向在标准方向之间切换视图方向。点击左、右、前、后、上、下按钮将使3D内容从那个方向查看。
• 视图链接按钮同步跨3D视图的属性（视点位置、方向、标尺、方向标记等设置）。
• 正交/透视渲染模式切换。正交模式（平行投影）对于评估大小很有用，因为显示的对象大小不依赖于视点距离。透视模式提供更好的深度感知，因为更近的对象看起来更大。
• 标尺控制在切片视图中显示标尺。仅在正交渲染模式下可用。
• 立体观看启用立体显示。红/蓝和偏振模式只需要便宜的红/蓝彩色眼镜。其他模式需要特殊的3D显示硬件。注意SlicerVirtualReality扩展提供了更优越的立体观看和交互体验，通过单击按钮即可实现全沉浸式3D可视化，并使用3D控制器丰富地与场景中的对象交互。
• 更多选项（…）
  • 启用深度剥离对半透明表面（在模型、标记等中）进行正确渲染是必需的。它可能会使渲染更新略微变慢，并且当在视图中使用体积渲染时可能会出现伪影。
  • 显示/隐藏每秒帧数（FPS）在视图角落显示渲染速度。
• 方向标记控制在右下角显示人形、立方体等。
• 可见性选项控制视图背景颜色和显示组件的可见性。
• 持续旋转视图围绕。
• 摇摆视图左右摇摆。
• 放大/缩小视图稍微放大/缩小视图。触摸屏的便捷按钮。
• 倾斜锁可以使用Ctrl + b键盘快捷键切换。在倾斜锁模式下，通过禁用围绕仰角轴（上下方向）的旋转来限制3D视图旋转到方位轴（左右方向）。

切片视图

软件提供了三种默认的切片视图（带有红色、黄色和绿色条），可以在其中显示轴向、矢状、冠状或斜视的2D体积图像切片。额外的通用切片视图有一个灰色的条和它们左上角的标识编号。

切片视图控制：任何切片视图上的彩色条左侧显示一个图钉图标（显示视图控制）。当鼠标滚动到此图标上时，会显示一个用于配置切片视图的面板。鼠标移开时面板会隐藏。要持久显示此面板，只需点击图钉图标。更多选项，请点击双箭头图标（显示所有选项）。

视图控制器模块提供了在模块面板中显示这些控制器的另一种方式。

• 重置视野（小方块）：将切片中心对准当前背景体积

• 在3D视图中显示“眼睛”按钮位于顶行，可以在3D视图中显示当前切片。按钮的下拉菜单包含自定义此切片渲染方式的高级选项：“…匹配体积”意味着属性来自完整体积，而“…匹配2D”意味着属性复制自当前切片视图（例如，复制缩放和平移位置）。通常这些差异是微妙的，设置可以保留为默认。

• 切片方向：显示允许您为此切片视图选择方向。

• 灯箱选择：马赛克（即联系表）视图。并非所有操作都在此模式下工作，将来可能会删除此模式。

• 重构：允许交互式操作切片方向。

• 切片偏移滑块允许通过体积进行切片。步长默认设置为背景体积的间距，但可以通过点击“间距和视野”按钮进行修改。偏移值旁边的标签（例如，S, L, A, IL, IRP）反映了切片的正常方向。如果偏移滑块向右移动，则切片沿这个正常方向移动。如果切片的正常方向与轴不对齐，则标签包含方向的组合，轴的顺序反映了轴的主导性。例如，如果平面法线指向前方并稍微向左，则标签为AL，而如果平面法线主要向左并稍微向前，则标签为LA。

• 混合模式：指定前景和背景层如何混合。

• 间距和视野间距：定义了切片偏移滑块的增量。视野设置了切片的缩放级别。

• 旋转到体积平面更改切片的方向以匹配显示体积的最近采集方向。

• 方向标记：控制在右下角显示人形、立方体等。

• 尺子：控制切片视图中尺子的显示。

• 视图链接按钮：同步同一视图组中视图的属性，如前景/背景/标签体积选择、前景/标签体积不透明度、缩放因子。

  • 对于平行视图（即设置为相同方向，例如轴向），视图中心位置也同步。

  • 长按按钮暴露热链接选项，控制何时同步属性（立即或释放鼠标按钮时）。

  • 一个视图组通常由3个正交视图组成（例如，在四分视图中，R, G, Y视图在同一组中）。在包含多个切片视图三重奏的布局中，每个三重奏形成一个单独的组（例如，在三叠三布局中有两个视图组，一组是R, G, Y，另一组是R+, G+, Y+）。

• 层可见性：“眼睛”按钮和层不透明度旋钮控制切片视图中分割和体积的可见性。

• 前景体积：不透明度滑块允许在前景和背景体积之间淡入淡出。

• 插值：允许无插值显示体素值。建议保持插值启用，并且仅在测试和故障排除时禁用。

• 节点选择器：用于选择在此切片视图中显示哪些背景、前景和标签图体积以及分割。注意：可以在切片视图中显示多个分割，但切片视图控制仅允许调整当前选定的分割节点的可见性。

鼠标和键盘快捷键

通用快捷键

快捷键	操作
Ctrl + f	按名称查找模块（按Enter键选择）
Ctrl + o	从文件中添加数据
Ctrl + s	将数据保存到文件中
Ctrl + w	关闭场景
Ctrl + 0	显示错误日志
Ctrl + 1	显示应用帮助
Ctrl + 2	显示应用设置
Ctrl + 3 / Ctrl + `	显示/隐藏Python控制台
Ctrl + 4	显示扩展管理器
Ctrl + 5	显示/隐藏模块面板
Ctrl + h	打开默认启动模块（在应用设置中可配置）

切片视图

当切片视图处于活动状态时，可用以下快捷键。要激活视图，点击视图内部：如果你不想在视图中更改任何内容，只需激活它然后进行右键点击而不移动鼠标。请注意，仅将鼠标悬停在切片视图上并不会激活视图。

快捷键	操作
右键点击 + 上/下拖动	放大/缩小图像（Alt键可选，放置点时有用）
Ctrl + 鼠标滚轮	放大/缩小图像
中键点击 + 拖动	平移（移动）视图（Alt键可选，放置点时有用）
Shift + 左键点击 + 拖动	平移（移动）视图（Alt键可选，放置点时有用）
左箭头 / 右箭头	移动到上一个/下一个切片
b / f	移动到上一个/下一个切片
Shift + 鼠标移动	在所有视图中移动十字线
Ctrl + Alt + 左键点击 + 拖动	旋转其他视图的切片交叉点（需要在十字线选择工具栏中启用切片交叉）
v	切换3D视图中的切片可见性
r	重置缩放和平移至默认值
g	切换分割或标签体积可见性
t	切换前景体积可见性
[ / ]	使用上一个/下一个体积作为背景
{ / }	使用上一个/下一个体积作为前景
左键双击	最大化视图/恢复视图布局

3D视图

当3D视图处于活动状态时，可用以下快捷键。要激活视图，点击视图内部：如果你不想在视图中更改任何内容，只需激活它然后进行右键点击而不移动鼠标。请注意，仅将鼠标悬停在切片视图上并不会激活视图。

快捷键	操作
Shift + 鼠标移动	在所有视图中移动十字线
左键点击 + 拖动	旋转视图（Alt键可选，放置点时有用）
左箭头 / 右箭头	旋转视图
上箭头 / 下箭头	旋转视图
End或小键盘1	旋转以从前方查看
Shift + End或Shift + 小键盘1	旋转以从后方查看
Page Down或小键盘3	旋转以从左侧查看
Shift + Page Down或Shift + 小键盘3	旋转以从右侧查看
Home或小键盘7	旋转以从上方查看
Shift + Home或Shift + 小键盘7	旋转以从下方查看
右键点击 + 上/下拖动	放大/缩小视图（Alt键可选，放置点时有用）
Ctrl + 鼠标滚轮	放大/缩小视图
Ctrl + b	切换倾斜锁定
+ / -	放大/缩小视图
中键点击 + 拖动	平移（移动）视图（Alt键可选，放置点时有用）
Shift + 左键点击 + 拖动	平移（移动）视图（Alt键可选，放置点时有用）
Shift + 左箭头 / Shift + 右箭头	平移（移动）视图
Shift + 上箭头 / Shift + 下箭头	平移（移动）视图
Shift + 小键盘2 / Shift + 小键盘4	平移（移动）视图
Shift + 小键盘6 / Shift + 小键盘8	平移（移动）视图
小键盘0或Insert	重置缩放和平移，旋转至最近的标准视图
左键双击	最大化视图/恢复视图布局

注意： 如果你的设备不支持某些快捷键的模拟：

• 单按钮鼠标：代替右键点击使用Ctrl + 点击
• 触摸板：代替右键点击使用两指点击

Python控制台

在Python控制台中可用以下快捷键。

快捷键	操作
Tab	自动补全
上箭头 / 下箭头	命令历史
Esc	清除选择，返回当前命令行，清除当前命令行
Ctrl + g	从文件运行Python脚本
Ctrl + v	粘贴剪贴板中的Python脚本并运行

请注意，当代码粘贴到空行中时，剪贴板中的所有代码会立即执行。如果当前命令行不为空，则剪贴板中的代码被粘贴到控制台并逐行执行。逐行执行代码时，行为不同，空输入行会立即关闭当前块，并在执行每行后打印输出。