3D Slicer：从入门到精通（六）——图像分割

图像分割

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基本概念

图像分割（也称为轮廓绘制或注释）是一种在图像中划定区域的程序，通常对应于解剖结构、病变和各种其他对象空间。它是医学图像计算中非常常见的程序，因为它是可视化某些结构、定量分析（测量体积、表面、形状属性）、3D打印和遮罩（将处理或分析限制在特定区域）等所必需的。

分割可以手动进行，例如通过遍历图像的所有切片并在边界处绘制轮廓；但通常使用半自动或全自动方法。Segment Editor模块提供了多种分割方法。

分割和段

分割的结果存储在3D Slicer中的segmentation节点中。一个分割节点由多个段组成。

一个段指定单个结构的区域。每个段都有许多属性，如名称、首选显示颜色、内容描述（能够存储标准DICOM编码条目）和自定义属性。段可以在空间上相互重叠。

表示方式

一个区域可以用不同的方式表示，例如作为二进制标签图（每个体素的值指定该体素是在区域内还是区域外）或闭合表面（表面网格定义区域的边界）。没有一种表示方式适用于所有情况：每种表示方式都有其优缺点，并根据需要使用。

二进制标签图	闭合表面	分数标签图	平面轮廓，带状
简单的2D查看和编辑， 总是有效（即使 变换或编辑后）	简单的3D可视化	相当容易的2D查看 和编辑， 总是有效， 相当准确	准确的2D查看和编辑
不准确（有限的分辨率）， 如果允许重叠则需要大量内存	难以编辑， 可能无效 （例如，自相交）， 特别是在非线性 变换后	需要大量内存	在3D中模棱两可， 质量差 3D可视化

每个段存储在多个表示中。一个表示被指定为源表示（在用户界面上标有“金星”）。源表示是唯一可编辑的表示，它是保存到文件时唯一存储的表示，所有其他表示都是从它自动计算的。

二进制标签图表示

二进制标签图表示可能是最常用的表示，因为这种表示最容易编辑。使用这种表示的大多数软件将所有段存储在一个3D数组中，因此每个体素只能属于一个段：段不能重叠。在3D Slicer中，允许段之间的重叠。为了在二进制标签图中存储重叠的段，段被组织成层。每个层在内部存储为一个单独的3D体积，一个体积可以在许多不重叠的段之间共享以节省内存。

在源表示设置为二进制标签图的分割中，每个层暂时允许具有不同的几何形状（原点、间距、轴方向、范围） - 以允许在分割之间移动段而不会产生不必要的质量损失（每次对二进制标签图进行重采样都会导致轻微变化）。在某些编辑操作和分割保存到文件时，所有层被强制具有相同的几何形状。

分割模块

3D Slicer中有许多用于操作分割的模块。下面提供了最重要的概述。

Slicer核心中的分割模块：

• Segmentations：调整显示选项，管理段表示和层，在分割之间复制/移动段，在分割和模型及标签图体积之间转换，导出到文件。
• Segment Editor：使用手动（绘制、绘画等）、半自动（阈值化、区域增长、插值等）和自动工具从图像创建和编辑分割。许多编辑效果内置于Segment Editor模块中，更多的效果由扩展提供（在扩展管理器的“分割”类别中）。
• Segment statistics：计算每个段的强度和几何属性，如体积、表面、最小/最大/平均强度、定向包围盒、球形度等。查看更多信息。

用于创建/编辑分割的扩展：

• SegmentEditorExtraEffects：向Segment Editor添加8种以上的效果。
• SurfaceWrapSolidify：填补分割图像区域中的内部孔洞或检索分割中的最大腔体。
• MONAILabel：使用MONAILabel进行各种器官的AI分割。
• TotalSegmentator：基于AI的全自动分割全身CT图像中的104个结构。
• DensityLungSegmentation：基于AI的全自动肺分割。
• HDBrainExtraction：基于AI的全自动脑MRI图像去颅。
• NVIDIA-AIAA：基于AI的全自动多个器官分割。分割在远程服务器上进行。
• RVesselX：半自动肝实质和血管分割。

用于分析和处理分割的扩展：

• Segment comparison：根据Hausdorff距离和Dice系数等度量计算两个段之间的相似性。
• Segment registration（由SegmentRegistration扩展提供）：计算对齐两个选定段的刚性或变形变换。
• SegmentMesher：从分割创建体积（四面体）网格。
• OpenAnatomy：以glTF或OBJ格式导出外部查看器的分割或模型层次结构。
• Sandbox：提供Osirix ROI和SliceOmatic分割文件的导入器。

有关更多与分割相关的扩展，请打开 扩展目录中的“分割”类别

教程

要开始使用，请查看以下页面：

• 分割教程：分步幻灯片和视频教程
• Segment Editor模块文档：详细描述Segment Editor用户界面和效果

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