α，β，γ草地多样性该怎么计算

wangyueand

已于 2023-06-21 11:15:26 修改

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文章标签： r语言算法

于 2023-06-20 23:56:22 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/wangyueand/article/details/131314462

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本文展示了如何使用R语言的vegan库计算三江源数据的α、β、γ多样性指数，包括物种丰富度、Shannon和Simpson多样性，并通过循环处理多个样本。此外，还提供了数据的导入、处理和结果导出的示例。

摘要由CSDN通过智能技术生成

library(vegan)
library(vegetarian)
library(readxl)
library(writexl)
data<- read_excel(“F:/整理数据/三江源数据/汪悦监测表整理/agbzong/banma0β.xlsx”)
#每块样地有六个样本
data1 <- data[(1+60):(6+60),]
data2 <- data1[,-(1:3)]
data3 <- data2[,-(7:8)]
data3=as.data.frame(lapply(data3,as.numeric))#将数据框变为数据格式

data4 <- dplyr::filter(data3,禾本科!=“NA”)

a <- d(data4,lev = “alpha”,q=0) ## 平均alpha 物种丰富度
a1 <- as.data.frame(a)
a1$u <- 0

for (i in 1:186){
data1<- data[(1+6i):(6+6i),]
data2 <- data1[,-(1:3)]
data3 <- data2[,-(7:8)]
data3=as.data.frame(lapply(data3,as.numeric))
data4 <- dplyr::filter(data3,禾本科!=“NA”)

a <- d(data4,lev = “alpha”,q=0) ## 平均alpha 物种丰富度
a3 <- as.data.frame(a)
a3$u <- i

a1 = rbind(a1,a3)
}
b <- data[,1]
b1 <- unique(b)
b1$u <- 0:186
b2 <- merge(a1,b1,by.x = “u”, by.y = “u”)
/
data<- read_excel(“F:/整理数据/三江源数据/汪悦监测表整理/agbzong/banma0β.xlsx”)
data1 <- data[(1+60):(6+60),]
data2 <- data1[,-(1:3)]
data3 <- data2[,-(7:8)]
data3=as.data.frame(lapply(data3,as.numeric))

data4 <- dplyr::filter(data3,禾本科!=“NA”)

α_Shannon <- d(data4,lev = “alpha”,q=1) ## 平均alpha Shannon多样性
a1 <- as.data.frame(α_Shannon)
a1$u <- 0

for (i in 1:186){
data1<- data[(1+6i):(6+6i),]
data2 <- data1[,-(1:3)]
data3 <- data2[,-(7:8)]
data3=as.data.frame(lapply(data3,as.numeric))
data4 <- dplyr::filter(data3,禾本科!=“NA”)

α_Shannon <- d(data4,lev = “alpha”,q=1) ## 平均alpha Shannon多样性
a3 <- as.data.frame(α_Shannon)
a3$u <- i

a1 = rbind(a1,a3)
}

b3 <- merge(a1,b2,by.x = “u”, by.y = “u”)
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